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R ggpubr:按组添加平均水平线和对比较?

boxplot comparison statistics r

maycca · 技术社区 · 7 年前

我最近发现 ggpubr 包裹当我与多个组一起工作时,我喜欢将数据拆分为多个方面( facet.by )。

我的问题由两个子问题组成,与同一个图表相关。我想

添加每组的唯一平均水平线 和
按组仅绘制显著性比较

我的目标是显示箱线图及其配对比较显著性值。由于各组的显著性可能不同,因此我只能绘制显著组,或者指定显著比较,然后分别绘制每组。

示例数据:

library(ggpubr)
library(ggplot2)  

# Create data
# :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
data("ToothGrowth")
df <- ToothGrowth

# Create basic plot
p <- ggboxplot(df, 
               x = "dose", 
               y = "len",
               color = "dose", 
               palette =c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
               add = "jitter",
               facet.by = "supp", # define faceting 
               shape = "dose")

# Add horizontal line per each group???
p + geom_hline(yintercept = mean(df$len), #aggregate(len ~ supp, df, mean)$len, # mean(df$len), 
               linetype = 2,
               group = "supp")

导致

。

我试着计算每组的平均数( #aggregate(len ~ supp, df, mean)$len ),但它只添加了两行。

要指定成对箱线图以显示显著性结果,我可以添加

my_comparisons <- list( c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2") )

显著性结果取决于组。然而,我只想展示一些重要的比较。如何在每组中仅指定有效对?类似于:

my_comp_OJ <- list( c("0.5", "1"), c("0.5", "2"))
my_comp_VC <- list(  c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2"))

正在应用 hide.ns = TRUE 仅隐藏 ns ,但保留对的行指示。

p +  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,
                        label = "p.signif",
                        hide.ns = TRUE) +   # Add pairwise comparisons p-value 
    stat_compare_means(label.y = 50)        # Add global p-value

1 回复 | 直到 7 年前

Roman LuÅ¡trik 7 年前

你必须计算每组的总平均值,并有一个数据。框架,表示平均值来自哪个组。

> aggregate(len ~ supp, data = df, FUN = mean)
  supp      len
1   OJ 20.66333
2   VC 16.96333

将此包含在 geom_hline 。

grand.means <- aggregate(len ~ supp, data = df, FUN = mean)
ggboxplot(df, 
          x = "dose", 
          y = "len",
          color = "dose", 
          palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
          add = "jitter",
          facet.by = "supp", # define faceting 
          shape = "dose") +
  geom_hline(data = grand.means, aes(yintercept = len),
             linetype = 2,
             group = "supp")

请注意 data 争论与我的男人 len 到 yintercept 在内部 aes 呼叫这使得 ggplot 意识到它正确适用 aes公司 变量到相应的组,无论您如何应用它们。

至于调整后的重要性条,我认为没有现成的答案,因为 ggpubr 呼叫 ggsignif 有一个 manual 参数,但前者并没有实现它,至少在我浏览源代码时可以看到。我认为这条线很好,因为它表明我们进行了比较,即使这并不重要。