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为rpy2转换python对象

rpy2 r python

Boris Gorelik · 技术社区 · 16 年前

下面的代码应该在rpy2中创建一个热图

import numpy as np
from rpy2.robjects import r
data = np.random.random((10,10))
r.heatmap(data)

但是,它会导致以下错误

Traceback (most recent call last):
  File "z.py", line 8, in <module>
    labRow=rowNames, labCol=colNames)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 418, in __call__
    new_args = [conversion.py2ri(a) for a in args]
  File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 93, in default_py2ri
    raise(ValueError("Nothing can be done for the type %s at the moment." %(type(o))))
ValueError: Nothing can be done for the type <type 'numpy.ndarray'> at the moment.

从文档中我了解到r.heatmap需要“一个数字矩阵”。如何将np.array转换为所需的数据类型?

3 回复 | 直到 14 年前

krassowski 6 年前

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

请参阅rpy2文档中的更多内容 numpy section ( here

在2.2.x之前,仅进口就足够了。

仅此一项进口就足以自动转换

为什么这是一个可选的导入, 虽然它可以被包括在函数py2ri()(如提交的原始补丁

虽然两者都是合理有效的为了把rpy2和numpy解耦自动安装numpy 意味着程序员想使用信息技术

brink 14 年前

对于rpy2 2.2.4,我必须添加:

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

flinz 14 年前

对我(2.2.1)来说,以下方法也有效(如 http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/numpy.html

import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.numpy2ri import numpy2ri
ro.conversion.py2ri = numpy2ri

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