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snakemake snakefile中的语法错误

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  • Arun  · 技术社区  · 7 年前

    我试着运行snakemake来测试一个小任务。代码如下:

    rule kallisto_quant:
        input:
            idx='/fullpath/snakemake-example/Kallisto_test/Arabidopsis_thaliana.fa.index'
            fwd='/fullpath/snakemake-example/Kallisto_test/Condition1_R1_008.trimmed.fastq.gz'
            rvs='/fullpath/snakemake-example/Kallisto_test/Condition1_R2_008.trimmed.fastq.gz'
        output:
            '/Condition1'
        threads: 10
        shell:
            'kallisto quant -i {input.idx} -o {output} -b 100 {input.fwd} {input.rvs}'
    

    运行此命令时,会出现语法错误:

    SyntaxError in line 4 of /fullpath/snakemake-example/Snakefile:
    invalid syntax
    

    参考snakemake手册,我看不到任何语法错误。这里会有什么问题?

    提前谢谢。

    1 回复  |  直到 7 年前
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  •   Manavalan Gajapathy Pal    7 年前

    中缺少逗号 input 是的。而且,我相信蛇怪需要 output 是文件而不是目录,这是您在示例中使用的。

    rule kallisto_quant:
        input:
            idx='/fullpath/snakemake-example/Kallisto_test/Arabidopsis_thaliana.fa.index',
            fwd='/fullpath/snakemake-example/Kallisto_test/Condition1_R1_008.trimmed.fastq.gz',
            rvs='/fullpath/snakemake-example/Kallisto_test/Condition1_R2_008.trimmed.fastq.gz'
        output:
            '/Condition1'
        threads: 10
        shell:
            'kallisto quant -i {input.idx} -o {output} -b 100 {input.fwd} {input.rvs}'