存储shell命令的结果

正如您在标题中看到的,我对存储shell命令的结果并将其传递给另一个规则感兴趣。

以下是我的规则:

SAMTOOLS = config["SAMTOOLS"]
rule useDepth:
  input:
     depth = "{individual}_{chr}.fixmate.sort.rgmdup.bam.depth"
  output:
     tmpVCF = "{individual}_{chr}.vcf"
  run:
     depth = storage.fetch("chrDepth")
     shell("echo {depth} | exit 1")

rule calDepth:
  input:
     bam = "{individual}.fixmate.sort.rgmdup.bam"
  output:
     temp("{individual}_{chr}.fixmate.sort.rgmdup.bam.depth")
  run:
     import subprocess,shlex
     depth=subprocess.check_output(shlex.split("{SAMTOOLS} depth -r {wildcards.chr} {input.bam} | awk '{{sum += $3}} END {{print sum / NR}}'"),shell=True)
     storage.store("chrDepth", depth)
     shell("echo \"Depth for {wildcards.chr} has been calculated\" > {output[0]}")

我试图解决的错误是子流程中{SAMTOOLS}的值。检查输出()!

depth: 1: depth: {SAMTOOLS}: not found
Error in job chrDepth while creating output file
RuleException:
Command '['{SAMTOOLS}', 'depth', '-r', '{wildcards.chr}', '{input.bam}', '|', 'awk', '{{sum += $3}} END {{print sum / NR}}']'

为了提供更多信息,因为不同的用户可能在不同的地方安装samtools,我们通过configfile配置samtools的地址。然而,在这里我不能:

2) 使整个命令可以运行!

那么,您能告诉我是否有其他方法可以将规则的输出存储/传递给另一个规则吗!?更具体地说,我如何增强snakemake以告诉shell{SAMTOOLS}可用。

谢谢