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使用JQ创建嵌套的Json对象

jq bioinformatics json

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Pramod · 技术社区 · 7 年前

我需要获取以下Json输入的外显子中的值,并将其拆分为“;”并转换为嵌套的JSON,如下预期输出部分所示

样本输入

  {  
   "regions":[  
      {  
         "metric":"GENE1",
         "value":[  
            {  
               "metric":"Exons",
               "value":[  
                  "GENE1;chr1;45656;5656667"    
               ],
               "type":"set"
            },
            {  
               "metric":"Precent_no_call",
               "value":4.22623,
               "type":"simple"
            },
            {  
               "metric":"Total_NoCall_bases",
               "value":112533,
               "type":"simple"
            }
         ],
         "type":"metrics-set"
      },
      {  
         "metric":"GENE2",
         "value":[  
            {  
               "metric":"Exons",
               "value":[  
                  "GENE2_Exon5;chr1;45656;5656667",
                  "GENE2_Exon10;chr1;45656;5656667"                 
               ],
               "type":"set"
            },
            {  
               "metric":"Precent_no_call",
               "value":0.746464,
               "type":"simple"
            },
            {  
               "metric":"Total_NoCall_bases",
               "value":16842,
               "type":"simple"
            }
         ],
         "type":"metrics-set"
      }
   ]
}

预期输出

{  
   "regions":[  
      {  
         "metric":"GENE1",
         "value":[  
            {  
               "metric":"Exons",
               "value":[  
                  "GENE1",
                  {  
                     "chromosome":"chr1",
                     "start":45656,
                     "end":5656667
                  }
               ],
               "type":"set"
            },
            {  
               "metric":"Precent_no_call",
               "value":4.22623,
               "type":"simple"
            },
            {  
               "metric":"Total_NoCall_bases",
               "value":112533,
               "type":"simple"
            }
         ],
         "type":"metrics-set"
      },
      {  
         "metric":"GENE2",
         "value":[  
            {  
               "metric":"Exons",
               "value":[  
                  "GENE2_Exon5",
                  {  
                     "chromosome":"chr1",
                     "start":45656,
                     "end":5656667
                  },
                  "GENE2_Exon10",
                  {  
                     "chromosome":"chr1",
                     "start":45656,
                     "end":5656667
                  }
               ],
               "type":"set"
            },
            {  
               "metric":"Precent_no_call",
               "value":0.746464,
               "type":"simple"
            },
            {  
               "metric":"Total_NoCall_bases",
               "value":16842,
               "type":"simple"
            }
         ],
         "type":"metrics-set"
      }
   ]
}

注释

此外,这与这里的问题有关:- Converting comma separated file to nested objects json in jq

提前谢谢你的帮助。

我从逗号分隔的输入文件中尝试了解决方案(请参阅我发布的另一个问题)

def parse:
  [
      inputs                     # read lines
    | split(",")                 # split into columns
    | select(length>0)           # eliminate blanks
    | .[:1] + [.[1:-3]] + .[-3:] # normalize columns

  ]
;
def simple(n;v): {metric:n, value:v|tonumber, type:"simple"};
def set(n;v):    {metric:n, value:v,          type:"set"};
def chr(c;s;e):  {chromsome:c, start:s, end:e}; 
def region:
  set(.[0]; [
      set("Exons";  (.[1] | tostring | split(";") |.[0]); 
      chr((.[1] | tostring | split(";") |.[1]),(.[1] | tostring | split(";") |.[2]),(.[1] | tostring | split(";") |.[3]))
     ]

     ),
      simple("Fraction of bases"; .[5]),
      simple("Total_bases"; .[6])
    ]
  )
;
{
   "Regions": parse | map(region)
}

我无法循环并递归阅读。

1 回复 | 直到 7 年前

peak 7 年前

由于底层需求足够清楚,我组装了以下解决方案,其行为与示例完全一致。然而,更高级别的要求相当粗略,因此您可能需要进行一些调整。

底层需求(关于转换字符串)可以实现如下:

# Input: a string
def gene2object:
  split(";")
  | [.[0], { chromosome: .[1], 
             start: (.[2]|tonumber),
             end:   (.[3]|tonumber)} ];

现在可以非常简单地编写一个解决方案,如下所示:

walk( if type == "object" and .metric == "Exons" 
      then .value |= (map(gene2object)|add) 
      else .
      end )

标准调用(遵循以下原则: jq -f program.jq input.json )完全按照描述生成输出,因此我在这里不再重复。

walk/1 ,则可以从 https://github.com/stedolan/jq/blob/master/src/builtin.jq 也就是说,搜索: def walk