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在直方图的y轴上绘制变量和

bioinformatics ggplot2 r

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roblanf · 技术社区 · 8 年前

read.lengths = c(100, 100, 200, 250, 300, 400, 400, 500, 500)

每个长度只是读取中的DNA碱基数。给定任意数量的箱子,绘制读取长度与计数的直方图很简单。

ggplot(data.frame(read.lengths)) + geom_histogram(aes(x = read.lengths))

但是我想做的是把碱基的总数放在y轴上,而不是读取次数。一、 e.对于直方图中的每个箱子,我想要Y轴上该箱子中所有读取长度的总和。

2 回复 | 直到 8 年前

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JustCurious 8 年前

试试这个。

library(ggplot2)
library(dplyr)
read.lengths <- c(100, 100, 200, 250, 300, 400, 400, 500, 500)
read.lengths.cat <- as.factor(read.lengths)

read.lengths.data <- data.frame(read.lengths.cat, read.lengths)

read.lengths.data <- aggregate(read.lengths ~ read.lengths.cat, 
            data = read.lengths.data, sum)

ggplot(aes(x = read.lengths.cat, y = read.lengths), 
       data = read.lengths.data) + 
  geom_bar(stat = "identity")

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roblanf 8 年前

幸亏 this answer

ggplot(data.frame(read.lengths)) + geom_histogram(aes(x = read.lengths, y = (..count..*x))