Biopython成对对齐在运行循环时导致分段错误

分段错误不会发生,因为您正在使用循环,而是因为您正在为仅接受ascii字符串输入的对齐模式提供非ascii字符作为输入。幸运的是, Bio.pairwise2.align.globalmx 还允许将包含任意ascii字符串和非ascii字符的列表作为标记进行对齐(即对齐字符串列表,例如 ['ABC', 'ABD'] 具有 ['ABC', 'GGG'] 生成类似于

['ABC', 'ABD', '-'  ]
['ABC', '-'  , 'GGG']

或者在您的情况下,对齐非ascii字符列表,例如 ['ś', 'w', 'i', 'a', 't'] 和 ['w', 'y', 'r', 'z', 'u', 'c', 'i', 's', 'z'] 生成类似于

['ś', 'w', '-', '-', '-', '-', '-', 'i', 'a', 't', '-', '-']
['-', 'w', 'y', 'r', 'z', 'u', 'c', 'i', '-', '-', 's', 'z']

要用biopython来实现这一点,在你的代码中,替换

alignments = pairwise2.align.globalmx(source, targ,1,-0.5)

具有

alignments = pairwise2.align.globalmx(list(source), list(targ), 1, -0.5, gap_char=['-'])

所以对于

source = 'świat'
targ = 'wyrzucisz'

修改后的代码将产生

[(['ś', 'w', '-', '-', '-', '-', '-', 'i', 'a', 't', '-', '-'],
  ['-', 'w', 'y', 'r', 'z', 'u', 'c', 'i', '-', '-', 's', 'z'],
  2.0,
  0,
  12)]

而不是分割错误。

由于列表中的每个标记只有一个字符长,您还可以使用以下方法将结果对齐的列表转换回字符串:

new_alignment = []

for aln in alignment:
    # Convert lists back into strings
    a = ''.join(aln[0])
    b = ''.join(aln[1])

    new_aln = (a, b) + aln[2:]
    new_alignment.append(new_aln)

在上面的例子中, new_alignment 那么

[('św-----iat--', '-wyrzuci--sz', 2.0, 0, 12)]

如所愿。