jar外部的ResourceBundle文件

ResourceBundle.getBundle(String baseName) 依赖类加载器而不是直接由文件系统来查找资源。
这相当于调用重载的:

getBundle(baseName, Locale.getDefault(), this.getClass().getClassLoader()), 

所以你的结果是意料之中的。
你要找的是 PropertyResourceBundle 。
要创建的实例,您需要 Reader 或 InputStream 。

您可以加载外部和内部文件。

ResourceBundle internalProps = ResourceBundle.getBundle("application");
ResourceBundle externalProps = new  PropertyResourceBundle(Files.newInputStream(Paths.get("application.properties"));

您可以使用外部 ResourceBundle 在第一个意图中,第二个意图作为回退。