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如何计算R中行值间隔处的列平均值?

sliding-window mean r

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Ahmed · 技术社区 · 7 年前

我有 dataframe 它有253行(以Mbps为单位的染色体位置)和1列(每个位置的等位基因得分)。我需要生成一个数据框,其中包含染色体上每0.5 Mbps的等位基因得分的平均值。请帮助使用可执行此操作的R代码。谢谢

1 回复 | 直到 7 年前

IRTFM 7 年前

本例中的图片足以构建答案,但不足以支持测试。您应该学会以不需要手动重新输入的形式发布数据。(这就是为什么你在累积负面投票。)

基本的R策略是 cut 创建一个分组变量,然后使用循环构造来累加和应用均值函数。大概这是在一个数据框架中,我假设它被命名为特定的东西,比如 my_alleles :

 tapply( my_alleles$Allele_score,    # act on this vector
                                     # in groups defined by this factor
         cut(my_alleles$Location, 
             breaks=seq(0, max(my_alleles$Location), by=0.5)
             ), 
                                     # with this function
         FUN=mean)