共享python环境最简单的方法是什么?

使用 conda 安装常见的生物信息学(和许多其他)软件包。例如,创建一个具有特定名称的单独conda环境(这里, scspectra_plus ),并使用从左到右列出的优先顺序中列出的conda通道将您选择的库安装到此环境中(例如,conda-forge优先于biocada)。此命令需要执行一次才能安装软件包:

conda create -n scspectra_plus numpy scanpy scipy pandas matplotlib scSpectra anndata seaborn h5py -c conda-forge -c bioconda -c defaults

按如下方式激活此环境:

conda activate scspectra_plus

现在,您可以使用安装到此环境中的库。例如:

python -c 'import Spectra; print("ok")'

并按如下方式停用此环境:

conda deactivate

注: 几个库(json、glob、math、re、statistics、typing)是Python标准库的一部分,不需要安装。