R中两个大向量之间的最快距离计算

这是一个 Rcpp 版本,该版本返回1和0的整数矩阵,取决于每对宽度的比较是否<=阈值。在我的机器上,30000乘30000需要22.5秒。不过,输出矩阵的RAM略低于7 GB。

快速_cal.cpp

#include <Rcpp.h>

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
NumericMatrix fast_cal(NumericVector x, NumericVector y, double threshold) {
  const long nr=x.length();
  const long nc=y.length();
  NumericMatrix output(nr, nc);
  for (long i=0; i<nr; i++) {
    for (long j=0; j<nc; j++) {
      output(i, j) = (fabs(x(i) - y(j)) <= threshold) ? 1 : 0;
    }
  }
  return output;
}

测试

library("Rcpp")
sourceCpp("fast_cal.cpp")
x <- rnorm(30000)
y <- rnorm(30000)
out <- fast_cal(x, y, 0.5)