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让SVM在python中运行得更快

svm scikit-learn python

Abhishek Bhatia · 技术社区 · 11 年前

使用密码下面是python中的svm:

from sklearn import datasets
from sklearn.multiclass import OneVsRestClassifier
from sklearn.svm import SVC
iris = datasets.load_iris()
X, y = iris.data, iris.target
clf = OneVsRestClassifier(SVC(kernel='linear', probability=True, class_weight='auto'))
clf.fit(X, y)
proba = clf.predict_proba(X)

但这需要大量的时间。

实际数据维度 :

train-set (1422392,29)
test-set (233081,29)

我如何加快速度(并行或其他方式)?请帮忙。我已经尝试过PCA和降采样。

我有6节课。编辑: 建立 http://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.linear_model.SGDClassifier.html 但我希望得到概率估计,而支持向量机似乎不是这样。

编辑:

from sklearn import datasets
from sklearn.multiclass import OneVsRestClassifier
from sklearn.svm import SVC,LinearSVC
from sklearn.linear_model import SGDClassifier
import joblib
import numpy as np
from sklearn import grid_search
import multiprocessing
import numpy as np
import math

def new_func(a):                              #converts array(x) elements to (1/(1 + e(-x)))
    a=1/(1 + math.exp(-a))
    return a

if __name__ == '__main__':
    iris = datasets.load_iris()
    cores=multiprocessing.cpu_count()-2
    X, y = iris.data, iris.target                       #loading dataset

    C_range = 10.0 ** np.arange(-4, 4);                  #c value range 
    param_grid = dict(estimator__C=C_range.tolist())              

    svr = OneVsRestClassifier(LinearSVC(class_weight='auto'),n_jobs=cores) ################LinearSVC Code faster        
    #svr = OneVsRestClassifier(SVC(kernel='linear', probability=True,  ##################SVC code slow
    #   class_weight='auto'),n_jobs=cores)

    clf = grid_search.GridSearchCV(svr, param_grid,n_jobs=cores,verbose=2)  #grid search
    clf.fit(X, y)                                                   #training svm model                                     

    decisions=clf.decision_function(X)                             #outputs decision functions
    #prob=clf.predict_proba(X)                                     #only for SVC outputs probablilites
    print decisions[:5,:]
    vecfunc = np.vectorize(new_func)
    prob=vecfunc(decisions)                                        #converts deicision to (1/(1 + e(-x)))
    print prob[:5,:]

编辑2: 用户3914041的回答给出了非常差的概率估计。

5 回复 | 直到 11 年前

128

Alexander Bauer 11 年前

如果您希望尽可能多地使用SVC并在整个数据集上进行训练,可以使用在数据子集上训练的SVC集合来减少每个分类器的记录数(这显然对复杂性有二次影响)。Scikit通过 BaggingClassifier 包装。与单个分类器相比,这应该会给你类似(如果不是更好)的准确度,而且训练时间要短得多。也可以使用 n_jobs 参数

或者,我也会考虑使用Random Forest分类器——它本机支持多类分类,速度快,并且在以下情况下可以给出很好的概率估计 min_samples_leaf 被适当地设置。

我对虹膜数据集进行了100次快速测试,共有10个SVC,每个SVC都对10%的数据进行了训练。它比单个分类器快10倍以上。这些是我在笔记本电脑上得到的数字:

单个SVC:45s

集成SVC:3s

随机森林分类器:0.5s

下面是我用来生成数字的代码:

import time
import numpy as np
from sklearn.ensemble import BaggingClassifier, RandomForestClassifier
from sklearn import datasets
from sklearn.multiclass import OneVsRestClassifier
from sklearn.svm import SVC

iris = datasets.load_iris()
X, y = iris.data, iris.target

X = np.repeat(X, 100, axis=0)
y = np.repeat(y, 100, axis=0)
start = time.time()
clf = OneVsRestClassifier(SVC(kernel='linear', probability=True, class_weight='auto'))
clf.fit(X, y)
end = time.time()
print "Single SVC", end - start, clf.score(X,y)
proba = clf.predict_proba(X)

n_estimators = 10
start = time.time()
clf = OneVsRestClassifier(BaggingClassifier(SVC(kernel='linear', probability=True, class_weight='auto'), max_samples=1.0 / n_estimators, n_estimators=n_estimators))
clf.fit(X, y)
end = time.time()
print "Bagging SVC", end - start, clf.score(X,y)
proba = clf.predict_proba(X)

start = time.time()
clf = RandomForestClassifier(min_samples_leaf=20)
clf.fit(X, y)
end = time.time()
print "Random Forest", end - start, clf.score(X,y)
proba = clf.predict_proba(X)

如果要确保每个记录仅用于 袋装分类器 ,您可以设置 bootstrap 参数设置为False。

ldirer 11 年前

SVM分类器不那么容易缩放。从文档中,关于 sklearn.svm.SVC .

拟合时间复杂度大于使其难以扩展到数据集的样本大约10000个样本。

在scikit学习 svm.linearSVC 这可以更好地缩放。显然它可以处理你的数据。

或者,您可以使用另一个分类器。如果你想要概率估计,我建议你进行逻辑回归。 Logistic回归还具有不需要 probability calibration 以输出“正确”概率。

编辑:

我不知道 linearSVC 最后,我在 user guide :

还要注意,对于线性情况,LinearSVC中使用的算法 liblinear实现比其基于libsvm的SVC对应物,几乎可以线性扩展到数百万样本和/或特征。

从 线性SVC 退房 this link 。它与我上面链接的概率校准指南相距仅几个链接,并包含一种估计概率的方法。即:

    prob_pos = clf.decision_function(X_test)
    prob_pos = (prob_pos - prob_pos.min()) / (prob_pos.max() - prob_pos.min())

请注意,如果没有校准,估计值可能会很差,如链接所示。

serv-inc 7 年前

您可以使用 the kernel_approximation module 将SVM放大到像这样的大量样本。

serv-inc 9 年前

它在最上面的答案中被简要提及;这是代码:最快的方法是通过 the n_jobs parameter :更换管路

clf = OneVsRestClassifier(SVC(kernel='linear', probability=True, class_weight='auto'))

具有

clf = OneVsRestClassifier(SVC(kernel='linear', probability=True, class_weight='auto'), n_jobs=-1)

这将使用计算机上所有可用的CPU,同时仍然执行与以前相同的计算。

Mahmuda Keya 5 年前

对于大型数据集,考虑使用LinearSVC或SGDClassifier,可能在Nystroem变压器之后。

https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.svm.SVC.html