如何在三维图像上绘制坐标并显示它

我有一个三维图像作为一个分层的tif文件,它是一个二进制卷显示在特定位置的斑点。我还有一个预测算法的输出,该算法预测图像中所述斑点的坐标。

imageio.volread 和 imageio.volwrite 但是我想看看预测算法有多精确,所以我想把坐标标到图像上。坐标是 [x,y,z] 行数等于blob数的值。

https://www.raddq.com/dicom-processing-segmentation-visualization-in-python/ ,我所做的尝试是利用 skimage.measure.marching_cubes matplotlib 然后用它来描绘我的形象。

def make_mesh(image):
    print('Transposing surface')
    p = image.transpose(2, 1, 0)

    print('Calculating surface')
    verts, faces, norm, val = measure.marching_cubes_lewiner(p, allow_degenerate=True)
    return verts, faces

def plt_3d(verts, faces):
    print('Drawing')
    x, y, z = zip(*verts)
    fig = plt.figure(figsize=(10, 10))
    ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')

    # Fancy indexing: `verts[faces]` to generate a collection of triangles
    mesh = Poly3DCollection(verts[faces], linewidths=0.05, alpha=1)
    face_color = [1, 1, 0.9]
    mesh.set_facecolor(face_color)
    ax.add_collection3d(mesh)

    ax.set_xlim(0, max(x))
    ax.set_ylim(0, max(y))
    ax.set_zlim(0, max(z))
    # ax.set_axis_bgcolor((0.7, 0.7, 0.7))
    plt.show()

img_gt = io.volread(gt_path)
v, f = make_mesh(img_gt)
plt_3d(v, f)

图像是一个 [21,512,1024] plot_3d 生成以下内容:

我不是在用电脑吗 marching_cubes 功能正常吗?为什么情节如此扭曲?原来的水滴是干净的球体,完全没有拉伸。

此外,如果这是绘制我的图像的唯一方法,我将如何绘制我的图像 上面的坐标?