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如何在SimpleITK中将位移场变换保存为图像?

nifti simpleitk image

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arthur.sw · 技术社区 · 4 年前

我想将DisplacementFieldTransform另存为SimpleITK中的图像。

The documentation 说:

位移场,例如存储在DisplacementFieldTransform对象中的位移场,也可以保存为图像(.nrd、.nhdr、.mha、.mhd、.nii、.nii.gz)。

但当我这样做的时候

demons = sitk.FastSymmetricForcesDemonsRegistrationFilter()
demons.SetNumberOfIterations(15)
# Standard deviation for Gaussian smoothing of displacement field
demons.SetStandardDeviations(1.0)

demons.AddCommand( sitk.sitkIterationEvent, lambda: command_iteration(demons) )

displacementField = demons.Execute(followup, baseline)

deformation_field = sitk.DisplacementFieldTransform(displacementField)

deformationFieldPath = os.path.join(destinationDataPath, str(patientId) + '_deformationField.nrrd')

sitk.WriteTransform(deformation_field, deformationFieldPath)

我得到以下错误:

RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK WriteTransform: /tmp/SimpleITK-build/ITK/Modules/IO/TransformBase/include/itkTransformFileWriter.hxx:167:
itk::ERROR: TransformFileWriterTemplate(0x555a72b3e700): Could not create Transform IO object for writing file /home/amasson/fastai/EMISEP-differences/6_deformationField.nrrd
  Tried to create one of the following:
    HDF5TransformIOTemplate
    HDF5TransformIOTemplate
    MatlabTransformIOTemplate
    MatlabTransformIOTemplate
    TxtTransformIOTemplate
    TxtTransformIOTemplate
  You probably failed to set a file suffix, or
    set the suffix to an unsupported type.

如何将DisplacementFieldTransform保存为图像?

0 回复 | 直到 4 年前

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Dave Chen 4 年前

DisplacementFieldTransform有一个返回Image的GetDisplacementField(和GetInverseDisplacementField)方法。使用该Image对象,您可以调用WriteImage并将其导出为您喜欢的任何图像格式。

以下是DisplacementFieldTransform类的文档: https://simpleitk.org/doxygen/latest/html/classitk_1_1simple_1_1DisplacementFieldTransform.html