在蛋白质数据聚类中使用ngram(ngram.ngram.compare equivalent in R)

有一些序列数据需要比较。预期的输出是距离矩阵,它显示了每个序列与其他序列的相似程度。之前,我使用 ngram.NGram.compare 在Python中,现在我想切换到R ngram 和 biogram 包,但我无法找到生成预期输出的确切函数。

假设这是数据

a <- c("ham","bam","comb")

输出应如下所示(每个项目之间的距离):

#      ham    bam   comb
#ham    0     0.5   0.83
#bam   0.5     0     0.6
#comb  0.83   0.6     0

它是输出的等效Python代码:

a = ["ham","bam","comb"]
import ngram
[(1 - ngram.NGram.compare(a[i],a[j],N=1))  
                          for i in range(len(a)) 
                          for j in range((i+1),len(a)) ]