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如何在树状图中,在r中选择低于某个截止值的所有簇

dendrogram cut r

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Gabi Steinberg · 技术社区 · 8 年前

"X9_resid_matrix"

这个矩阵代表227个蛋白质,告诉我每个蛋白质之间有多不同。因此,在右上角有一个零,因为1,1代表相同的蛋白质,因此它们是相同的或零不同。数字范围从0到9。

然后,我使用以下命令绘制树状图:

"plot(hclust(as.dist(X9_resid_matrix)))"

我想让计算机只告诉我低于某个临界值的簇。

也就是说,如果只有31个零距离的簇,我想要一个代码,计算机将使用它来告诉我这31个零距离簇是什么。

cutree(hc, h=0)

当我运行它时,似乎不会这样做。

例如: Click here to view

1 回复 | 直到 8 年前

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Shaun Wilkinson 8 年前

我认为你想要的功能是 cut ,它采用树状图对象 x h ?dendrogram 了解更多详细信息)。

newick <- "((Human:0.01,Chimp:0.03):0.02,(((Whale:0.04,Cow:0.01):0.01,Pig:0.01):0.01,(Dog:0.01,Cat:0.01):0.01):0.04);"
install.packages("phylogram")
dendro <- phylogram::read.dendrogram(text = newick)
plot(dendro)

然后,可以使用 切

obj <- cut(dendro, h = 0.09)
obj

这将输出如下所示的列表:

$upper
'dendrogram' with 2 branches and 2 members total, at height 0.1 

$lower
$lower[[1]]
'dendrogram' with 2 branches and 2 members total, at height 0.08 

$lower[[2]]
'dendrogram' with 2 branches and 5 members total, at height 0.06

注意,第二个元素 obj$lower

subtree <- obj$lower[[2]]
plot(subtree)

要将hc对象转换为树状图,可以使用 as.dendrogram 作用