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安装新版本R的无痛方法?

packages upgrade r

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Shane · 技术社区 · 16 年前

Andrew Gelman recently lamented the lack of an easy upgrade process for R (在Windows上可能比Linux更相关)。从安装软件到复制所有设置/软件包,是否有人有一个很好的升级技巧?

这个建议包含在评论中,我最近一直在使用它。首先安装新版本,然后在旧版本中运行:

#--run in the old version of R
setwd("C:/Temp/")
packages <- installed.packages()[,"Package"]
save(packages, file="Rpackages")

然后在新版本中执行此操作:

#--run in the new version
setwd("C:/Temp/")
load("Rpackages")
for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
install.packages(p)

10 回复 | 直到 8 年前

CptNemo 11 年前

为了完整性,有一些方法可以防止您遇到这个问题。正如Dirk所说,将您的包保存在计算机上的另一个目录中。

install.packages("thepackage",lib="/path/to/directory/with/libraries")

您可以更改默认值 .Library 使用函数的值 .libPaths 太

.libPaths("/path/to/directory/with/libraries")

这会将此路径作为 图书馆 变量,并将其设为默认值。

如果您想进一步自动化这个过程,可以在rprofile.site文件中指定它,该文件位于R构建的/etc/目录中。然后它将在每次r加载时自动加载,您不再需要担心这个问题了。您只能从指定的目录安装和加载包。

最后,我的rprofile.site中包含一些小代码,允许我在安装新的r版本时重新安装所有包。你只要把它们列出来就行了之前更新到新的R版本。我使用一个包含所有包的更新列表的.rdata文件来实现这一点。

library(utils)

## Check necessary packages
load("G:\Setinfo\R\packagelist.RData") # includes a vector "pkgs"
installed <- pkgs %in% installed.packages()[, 'Package']
if (length(pkgs[!installed]) >=1){
  install.packages(pkgs[!installed])
}

我通过指定 .Last() 在我的rprofile.site中。这将更新包列表,如果我安装了:

.Last <- function(){
  pkgs <- installed.packages()[,1]
  if (length(pkgs) > length(installed)){
    save(pkgs,file="G:\Setinfo\R\packagelist.RData")
  }
}

当我安装一个新的R版本时,我只是将必要的元素添加到rprofile.site文件中,然后重新安装所有包。无论如何,我必须调整rprofile.site(使用sum-contrasts,为tinn-r添加额外的代码,这些东西),所以它不是真正的额外工作。重新安装所有软件包只需要额外的时间。

最后一位相当于原始问题中给出的解。我只是不需要担心先得到“已安装”列表。

同样,如果您的软件包不是从Cran安装的,那么它也不会毫无瑕疵地工作。但是这个代码也很容易扩展到包含那些代码。

编辑:代码中缺少括号

Alf Pascu SJDS 8 年前

这当然是一个老问题,但可能会有一个新的简单答案(仅适用于Windows),我刚刚发现。

install.packages("installr")
require(installr)
updateR()

最好的方法是使用rgui系统。您的所有包将被传送到新文件夹,旧的包将被删除或保存(您可以选择其中之一)。然后,一旦您再次打开rstudio,它会立即识别出您使用的是更新版本。对我来说,这是一种魅力,

More info on {installr} here .

西蒙

mindless.panda 14 年前

两个快速建议:

使用Gabor batchfiles 据说它包含了一些工具,例如,这个批量库的重新定位。警告:我没有用过。
不要在已安装的R版本的“filetree”中安装库。在Windows上,我可以将r放在c:/opt/r/r-$version中,但将所有库放在c:/opt/r/library/中使用以下代码段,因为它首先解决了问题:

$ cat .Renviron         # this is using MSys/MinGW which looks like Cygwin  
## Example .Renviron on Windows    
R_LIBS="C:/opt/R/library"

user3652621 9 年前

如果您的包不是来自CRAN,上面建议的方法将无法完全工作。例如,从非cran站点下载的个人软件包或软件包。

我在Windows上的首选方法(将2.10.1升级到2.11.0):

安装R-2.11.0
拷贝 R-2.10.0/library/* 到 R-2.11.0/library/
对询问您是否可以覆盖的提示回答“否”。
启动R 2.11.0
运行r命令 update.packages()

Raffaele Vacca 10 年前

关于问题中给出的解决方案,如果已经安装了新版本,那么运行旧版本的R可能不容易。在这种情况下,您仍然可以重新安装以前的R版本中丢失的所有包,如下所示。

# Get names of packages in previous R version
old.packages <- list.files("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library")

# Install packages in the previous version. 

# For each package p in previous version...
    for (p in old.packages) {
      # ... Only if p is not already installed
      if (!(p %in% installed.packages()[,"Package"])) {
        # Install p 
        install.packages(p) 
      }
    }

(注意,这个论点 list.files() 在第一行代码中,应该是您以前的R版本的库目录的路径,其中以前版本中的包的所有文件夹都在这里。在我目前的情况下,这是 "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library" . 如果您以前的R版本不是3.2,或者您在Windows上,则会有所不同。)

这个 if 语句确保包不如果安装

它已经安装在新的R版本中,或者
已作为依赖项安装,该依赖项来自上一个迭代中安装的包 for 循环。

Tal Galili 15 年前

按照Dirk的建议,下面是一些在Windows上执行此操作的R代码: How to easily upgrade R on windows XP

更新(15.04.11):我写了另一篇关于这个主题的文章,解释了如何处理 upgrading R on windows 7

Community Mohan Dere 9 年前

两种选择:

实现我的答案 here
如果您在Eclipse和Statet下使用r,则打开 运行配置 ,点击慰问选项卡和框中的 启动后运行r代码段 用您选择的目录添加此行: .libPaths("C:/R/library")

Roman 9 年前

我在Windows8上,出于某种奇怪的原因,我永远无法使用Internet连接安装软件包。

我通常使用cran的.zip文件安装它。

从R 3.2.5到R 3.3.1之后。

我只是从

C:\Path\to\packa\R\win-library\3.2 到 C:\Path\to\packa\R\win-library\3.3 .

然后我重新启动了R会话。工作得很好。我还没有检查所有的包裹是否都能正常工作。但是,我检查的那些工作得很好。希望这个黑客对每个人都有用。

干杯。

beroe 9 年前

如果你有远见的话,这个公认的答案可能会奏效,但我已经摆脱了旧版本,因此无法遵循这些指示。下面描述的步骤适用于从2.1和3.1升级OSX。

更新:要获取最新版本的目录(而不是键入3.1或3.2),可以使用以下命令。第二个变量直接转换为r变量,跳过 . 和 .. 和 .DS_Store ,用途:

OLD=$(ls -d /Library/Frameworks/R.framework/Versions/*.* |tail -n 2 | head -n 1)Resources/library/
echo "packages = c(\"`ls $OLD | tail +4| paste -s -d ',' - | sed -E 's|,|\",\"|'g`\")" | tr -d "/"

然后在 R 可以粘贴生成的变量(添加 |pbcopy 最后直接复制。一旦在新版本的R中定义了它,您就可以从上面的说明循环访问已安装的包…

for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
   install.packages(p, dependencies=TRUE, quiet=TRUE, ask=FALSE)

juanprimate 9 年前

对我来说这页不错 https://www.r-statistics.com/2013/03/updating-r-from-r-on-windows-using-the-installr-package/ 或另一个选项是安装新的选项,最后,例如在“我的电脑”的Windows中

LBYPATH(C) “d:/documents/r/win库/3.2”, “C:/程序文件/R/R-3.2.3/库”, “C:/程序文件/R/R-3.2.0/库”, “d:/documents/r/win库/2.15” )

在我的例子中,最后一个版本的每一条路径我总是放在第一条路径是“d:/documents/r/win library/3.2”,它是固定的。然后我把另一个放在我的建议里,因为你不需要复制或移动任何包裹。