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3列CSV,到邻接矩阵,到网络图,到Arcplot

social-networking graph r

d-cubed Tyler Rinker · 技术社区 · 9 年前

我正在尝试将一个有3列的CSV转换为一个arcplot。这些列- A , B , C 总是按顺序进行 A. -> B -> C 然而,我没有找到一种方法来实现这一点,因为大多数方法似乎都使用了两列边缘图。因此,我一直在遵循指示 here 转换为邻接矩阵。

我将在下面重新创建问题,但不会生成虚假数据,因为一个问题是CSV可能无法正确读取。

基本上,CSV包含行,其中每列由 , 但可能包含多个由分隔的值 ; 例如:

ENV;MO,echoic;tact,social 
ENV;MO,mand,physical
OVB,intraverbal,social
ENV;OVB,tact,social
OVB,intraverbal;tact,social
OVB;ENV;MO,intraverbal;mand,social
OVB;ENV;MO,intraverbal;mand,physical;social
ENV;MO,mand,social;physical

为了在移动到arcplots之前完成一些网络绘图,我尝试了以下操作:

options(stringsAsFactors = F)
lst <- read.csv("abc.csv", header=FALSE)

#this is pretty much straight from the link above
d <- do.call(rbind, lst)
edges <- rbind(d[ ,1:2], d[ ,2:3])
g <- graph.data.frame(edges, directed=TRUE)
adj <- as.matrix(get.adjacency(g)) 
g2 <- new("graphAM", adjMat=adj, edgemode="directed")
plot(g2, attrs = list(graph = list(rankdir="LR"), node = list(fillcolor = "lightblue")))

结果完全不是我所希望的。而不是列中的元素 A. 指向 B 指向 C 相反,它只是A中指向自身的一个元素;一个来自 B 指向另一个人指向另一个,例如。, intraverbal -> mand -> 言语内的 ; tact ,一个来自 C 指向自身和来自的另一个值 C .

附录:鉴于 A. -> B -> C 格式,一行,如

卵白;环境;MO,言语内;曼德,社会

表示

A(OVB&ENV&MO)->B(言语交流)->C(社会)

虽然这可能超出了问题的范围,但最终目标将是类似于此处所示的弧形图 PDF guide to arcplots in R

2 回复 | 直到 7 年前

nicola 9 年前

不确定这是不是你想要的。但是,您可以尝试:

require(igraph)
df[]<-lapply(df,strsplit,";")
el<-as.matrix(do.call(rbind,apply(df,1,expand.grid)))
g<-graph_from_edgelist(rbind(el[,-3],el[,-1]))
plot(g)

数据

df<-structure(list(V1 = c("ENV;MO", "ENV;MO", "OVB", "ENV;OVB", "OVB", 
"OVB;ENV;MO", "OVB;ENV;MO", "ENV;MO"), V2 = c("echoic;tact", 
"mand", "intraverbal", "tact", "intraverbal;tact", "intraverbal;mand", 
"intraverbal;mand", "mand"), V3 = c("social", "physical", "social", 
"social", "social", "social", "physical;social", "social;physical"
)), .Names = c("V1", "V2", "V3"), row.names = c(NA, -8L), class = "data.frame")

digEmAll 9 年前

您可以使用此代码(实际上它甚至不需要igraph…):

# of course you need to install arcdiagram first
# as described in the pdf
library(arcdiagram) 

DF <- read.table(text=
"ENV;MO,echoic;tact,social 
ENV;MO,mand,physical
OVB,intraverbal,social
ENV;OVB,tact,social
OVB,intraverbal;tact,social
OVB;ENV;MO,intraverbal;mand,social
OVB;ENV;MO,intraverbal;mand,physical;social
ENV;MO,mand,social;physical",sep=',')

# replace ";" with "&\n"
DF[] <- lapply(DF,function(x)gsub(';',' &\n',x))

# create adjacency matrix
m <- rbind(as.matrix(DF[,1:2]),as.matrix(DF[,2:3]))

# plot...
arcplot(m ,col.arcs='DodgerBlue',lwd.arcs=2,col.labels='black',las=2)