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在macOS上并行执行randomforestSRC

random-forest openmp parallel-processing r

abu · 技术社区 · 8 年前

我对随机生存森林的并行估计有一个问题 randomForestSRC 包裹我遵循了 this guide 并尝试在Mac(Sierra)上安装它。然而 rfsrc() 函数仍在单个线程上运行。由于函数在较大的数据集上计算需要很长时间,请您建议如何实现并行执行。我直接遵循了教程中描述的步骤,但没有成功。

提前感谢!

1 回复 | 直到 8 年前

Udaya Kogalur 8 年前

您的问题中提到的指南来自2013年,从那时起,成功执行OpenMP并行的过程大大简化。事实上,当前版本(2.5.1)在CRAN上可用的二进制文件应该在Sierra上并行运行。源代码包括一个现成的配置文件,该文件是autoconf命令的结果。因此,并行执行现在是默认行为。如果您尚未升级到最新版本,我建议您这样做。如果CRAN提供的二进制构建仍然无法启动并行执行,我建议您使用自制或另一个包管理器将编译器升级到GCC,然后按照GitHub页面上的说明适当地创建和处理Makevars文件,以便允许CRAN包安装过程选择GCC编译器,而不是默认的Clang编译器:

https://kogalur.github.io/randomForestSRC/building.html