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如何根据R中的矩阵绘制热图或等高线图?[重复]

contour heatmap plot ggplot2 r

Daniel Valencia C. · 技术社区 · 6 年前

我正在尝试使用ggplot2生成热图。我发现 this example ,我基本上是想用我的数据复制它,但我遇到了困难。我的数据很简单。csv文件,如下所示:

people,apple,orange,peach
mike,1,0,6
sue,0,0,1
bill,3,3,1
ted,1,1,0

我想制作一个简单的热图,其中水果的名字在x轴上,人在y轴上。图表应描绘正方形,其中每个正方形的颜色表示食用水果的数量。对应于 mike:peach 应该是最黑暗的。

下面是我用来生成热图的代码:

data <- read.csv("/Users/bunsen/Desktop/fruit.txt", head=TRUE, sep=",")
fruit <- c(apple,orange,peach)
people <- data[,1]
(p <- ggplot(data, aes(fruit, people)) + geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "white") +    scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue"))

当我绘制这些数据时,我在x轴上得到水果的数量,在y轴上得到人的数量。我也没有得到代表水果数量的颜色渐变。我怎样才能得到x轴上水果的名称,以及一个人吃的水果的数量,显示为热图? 在R中得到的电流输出如下所示:

enter image description here

0 回复 | 直到 13 年前

Max Ghenis shoyer 9 年前

老实说@dr.bunsen-你上面的例子很难复制,而且你没有阅读你所阅读的教程的第一部分 linked .以下可能是你想要的:

 library(reshape)
 library(ggplot2)
 library(scales)

 data <- structure(list(people = structure(c(2L, 3L, 1L, 4L), 
                                           .Label = c("bill", "mike", "sue", "ted"), 
                                           class = "factor"), 
                        apple = c(1L, 0L, 3L, 1L), 
                        orange = c(0L, 0L, 3L, 1L), 
                        peach = c(6L, 1L, 1L, 0L)), 
                    .Names = c("people", "apple", "orange", "peach"),
                    class = "data.frame", 
                    row.names = c(NA, -4L))
 data.m <- melt(data)
 data.m <- ddply(data.m, .(variable), transform, rescale = rescale(value))
 p <- ggplot(data.m, aes(variable, people)) + 
         geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "white") 
 p + scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue")

enter image description here

asachet 6 年前

七(!)多年后,正确格式化数据的最佳方法是使用 tidyr 而不是 reshape

使用 gather 从…起 蒂蒂尔 ,很容易重新格式化数据,以获得预期的3列( person 对于y轴, fruit 对于x轴和 count 对于值):

library("dplyr")
library("tidyr")

hm <- readr::read_csv("people,apple,orange,peach
mike,1,0,6
sue,0,0,1
bill,3,3,1
ted,1,1,0")

hm <- hm %>%
  gather(fruit, count, apple:peach)
  #syntax: key column (to create), value column (to create), columns to gather (will become (key, value) pairs)

现在的数据如下所示:

# A tibble: 12 x 3
   people fruit  count
   <chr>  <chr>  <dbl>
 1 mike   apple      1
 2 sue    apple      0
 3 bill   apple      3
 4 ted    apple      1
 5 mike   orange     0
 6 sue    orange     0
 7 bill   orange     3
 8 ted    orange     1
 9 mike   peach      6
10 sue    peach      1
11 bill   peach      1
12 ted    peach      0

完美的我们开始策划吧。使用ggplot2绘制热图的基本几何图形是 geom_tile 我们将为其提供美学 x , y 和 fill .

library("ggplot2")
ggplot(hm, aes(x=x, y=y, fill=value)) + geom_tile()

好吧,不算太糟,但我们可以做得更好。

对于热图,我喜欢黑色&白色主题 theme_bw() 去除了灰色背景。
我还喜欢使用来自 RColorBrewer (与 direction = 1 以获得更高值的深色,或-1)。有很多可用的调色板:红色、蓝色、光谱、RdYlBu(红黄蓝)、RdBu(红蓝)等。下面我使用“绿色”。跑 RColorBrewer::display.brewer.all() 看看调色板是什么样子。
如果你想让瓷砖成正方形,只需使用 coord_equal() .
我经常发现图例没有用处,但它取决于您的特定用例。你可以藏起来 填满 传奇 guides(fill=F) .
您可以使用 geom_text (或 geom_label )1.需要美学 十、 , Y 和 label 但就我们而言, 十、 和 Y 都是遗传的。也可以通过传递来打印更大的值 size=count 作为一种审美观——在这种情况下,你也会想通过考试 size=F 到 guides 隐藏尺寸图例。
你可以通过传递一条线在瓷砖周围画线 color 到 geom_瓷砖 .

总而言之:

ggplot(hm, aes(x=fruit, y=people, fill=count)) +
  # tile with black contour
  geom_tile(color="black") + 
  # B&W theme, no grey background
  theme_bw() + 
  # square tiles
  coord_equal() + 
  # Green color theme for `fill`
  scale_fill_distiller(palette="Greens", direction=1) + 
  # printing values in black
  geom_text(aes(label=count), color="black") +
  # removing legend for `fill` since we're already printing values
  guides(fill=F) +
  # since there is no legend, adding a title
  labs(title = "Count of fruits per person")

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