我每天观察一些数据(
Var1
)三年多在几个地方(
siteID
)并以一年中的某一天为基础,为每个地点拟合了一个广义可加模型(GAM)(
DoY
). 如何将拟合的gam值追加回原始数据帧?
以下是一些示例数据:
library(mgcv)
library(dplyr)
df <- data.frame(matrix(ncol = 4, nrow = 2190))
x <- c("siteID", "DoY", "Var1", "gam_fitted_var1")
colnames(df) <- x
df[1:1095,1] <- rep("A",1095)
df[1096:2190,1] <- rep("B",1095)
df$DoY <- rep(seq(from = 1, to = 365, by = 1),6)
set.seed(123)
a <- 10 # amplitude
b = 2*pi/365
c = 1
d = rnorm(365,2,2)
aa = 4
dd = rnorm(365,4,1)
e <- rep(seq(1,365,1),3)
y1 <- a*sin(b*(e-c))+d
y2 <- aa*sin(b*(e-c))+dd
df[1:1095,3] <- y1
df[1096:2190,3] <- y2
我将每组的GAM拟合如下:
df2 <- df %>%
group_by(siteID) %>%
do(gam_mod = gam(Var1 ~ s(DoY, bs = 'cc'), data = .)) %>%
ungroup
df
)? 我知道如何如下手动执行,但我的真实数据集有100个组(即。,
)我希望避免对每个站点手动执行此操作。
df[1:1095,4] <- df2[[2]][[1]][["fitted.values"]]
df[1096:2190,4] <- df2[[2]][[2]][["fitted.values"]]