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如果从函数运行,swave无法看到向量?

sweave r

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PaulHurleyuk · 技术社区 · 16 年前

我有一个函数,它将向量设置为一个字符串,用一个新名称复制一个swave文档,然后运行该swave。在swave文档中,我想使用我在函数中设置的向量,但它似乎看不到。

(编辑:我将此函数更改为使用tempdir((),由dirk建议)

我创建了一个swave文件测试_swave.rnw;

% 
\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[OT1]{fontenc}
\usepackage{Sweave}
\begin{document}

\title{Test Sweave Document}
\author{gb02413}

\maketitle

<<>>=
ls()
Sys.time()
print(paste("The chosen study was ",chstud,sep=""))
@ 
\end{document}

我有这个功能;

onOK <- function(){ 
    chstud<-"test" 
    message(paste("Chosen Study is ",chstud,sep="")) 
    newfile<-paste(chstud,"_report",sep="") 
    mypath<-paste(tempdir(),"\\",sep="")
    setwd(mypath) 
    message(paste("Copying test_sweave.Rnw to ",paste(mypath,newfile,".Rnw",sep=""),sep=""))
    file.copy("c:\\local\\test_sweave.Rnw", 
            paste(mypath,newfile,".Rnw",sep=""), overwrite=TRUE) 
    Sweave(paste(mypath,newfile,".Rnw",sep="")) 
    require(tools) 
    texi2dvi(file = paste(mypath,newfile,".tex",sep=""), pdf = TRUE) 
}

如果我直接从函数中运行代码,那么得到的文件就具有ls()的这个输出;

> ls()
[1] "chstud" "mypath" "newfile" "onOK"

但是,如果我调用onok(),就会得到这个输出;

> ls()
[1] "onOK"

print(…chstud…)函数会生成一个错误。

我怀疑这是一个环境问题,但我假设是因为调用swave发生在onok函数中,它将处于相同的环境中,并且将看到在该函数中创建的所有对象。怎样才能让swave过程看到chstud向量?

谢谢

保罗。

2 回复 | 直到 15 年前

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Michal J Figurski 15 年前

我也有类似的问题。最终,我找到了一份“适合我”的工作,尽管这可能不是解决这个问题最优雅的方法。

在我的函数中,在执行“swave”之前,我放置了一个语句来全局存储本地环境:

temp <<- environment()

使用您的代码示例,它看起来像:

testFoo<-function(){    
  foo<-"My Test String"
  temp <<- environment()
  Sweave("test_sweave.Rnw")     
  require(tools)    
  texi2dvi(file = "test_sweave.tex", pdf = TRUE) 
}

rm(foo) testFoo()

然后,在第一个块开始处要“swaved”的latex文件中,我将还原必要的变量,但您也可以使用“temp$foo”访问在函数中创建的“foo”变量。这样可以避免全局存储多个变量。

% 
\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[OT1]{fontenc}
\usepackage{Sweave}
\begin{document}

\title{Test Sweave Document}
\author{Paul Hurley}

\maketitle

<<>>=

if(exists("foo", envir=temp)) { print(temp$foo) }
ls()
Sys.time()
@ 
\end{document}

就像我上面写的-这是作品,但不是很优雅。

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PaulHurleyuk 16 年前

好吧,我意识到我最初的想法“简单,自我包含的例子”并不是特别简单或有用。所以我重新举出了我的例子,并为自己找到了一个答案,尽管我希望有人能解释为什么,甚至提出一个更好的解决方案, 这是我的示例测试文件

% 
\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[OT1]{fontenc}
\usepackage{Sweave}
\begin{document}

\title{Test Sweave Document}
\author{Paul Hurley}

\maketitle

<<>>=

if(exists("foo")){print(foo)}
ls()
Sys.time()
@ 
\end{document}

如果我运行这个代码;

testFoo<-function(){    
  foo<-"My Test String"     
  Sweave("test_sweave.Rnw")     
  require(tools)    
  texi2dvi(file = "test_sweave.tex", pdf = TRUE) 
}

rm(foo) testFoo()

生成的文件不包含字符串foo的内容。

> if (exists("foo")) {
+ print(foo)
+ }
> ls()
[1] "testFoo"

如果我运行这个代码(也就是说,相同的东西,直接运行)

rm(foo)
foo<-"My Test String"
Sweave("test_sweave.Rnw")
require(tools) 
texi2dvi(file = "test_sweave.tex", pdf = TRUE)

生成的文件不包含foo字符串

> if (exists("foo")) {
+ print(foo)
+ }
[1] "My Test String"
> ls()
[1] "foo" "testFoo"

如果我运行这个代码

testBar<-function(){
    foo<<-"My Test String"
    Sweave("test_sweave.Rnw")
    require(tools) 
    texi2dvi(file = "test_sweave.tex", pdf = TRUE)
}

rm(foo)
testBar()

生成的文件还包含foo字符串

> if (exists("foo")) {
+ print(foo)
+ }
[1] "My Test String"
> ls()
[1] "foo" "testBar" "testFoo"

因此,似乎swave是在全球环境中运行的,而不是在它所调用的环境中。这意味着当swave从函数运行时,将变量传递给swave的唯一方法是使用<<-运算符将变量放入全局环境中。(我想)。

还有谁想评论谁更了解环境?