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snakemake:目标规则不能包含通配符

snakemake

Nikita Vlasenko · 技术社区 · 6 年前

我正试图提供一堆文件作为输入 snakemake 通配符不起作用的原因是:

rule cluster:
  input:
    script = '/Users/nikitavlasenko/python_scripts/python/dbscan.py',
    path   = '/Users/nikitavlasenko/python_scripts/data_files/umap/{sample}.csv'
  output:
    path = '/Users/nikitavlasenko/python_scripts/output/{sample}'
  shell:
    "python {input.script} -data {input.path} -eps '0.3' -min_samples '10' -path {output.path}"

我想要 蛇形 从中读取文件 umap 目录,获取它们的名称,然后使用它们传递给python脚本,这样每个结果都会得到一个唯一的名称。如何在不出现我现在所得到的错误的情况下完成这项任务:

Building DAG of jobs...
WorkflowError:
Target rules may not contain wildcards. Please specify concrete files or 
a rule without wildcards.

更新

我发现 rule all 顶部需要:

https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/2761/how-to-resolve-in-snakemake-error-target-rules-may-not-contain-wildcards

所以我就这样加了一句:

samples='SCID_WT_CCA'
rule all:
    input:  
        expand('/Users/nikitavlasenko/python_scripts/data_files/umap/
        {sample}_umap.csv', sample=samples.split(' '))

但是,我收到了以下奇怪的信息:

Building DAG of jobs...
Nothing to be done.

所以,它没有运行。

更新

我认为这可能与我顶部只有一个样本名有关,所以我将其改为:

samples='SCID_WT_CCA WT SCID plus_1 minus_1'

当然,还添加了各自的文件,但没有修复这个错误。

实际上,如果我跑步 snakemake cluster 我得到的错误和最上面的一样,但如果我只是跑 蛇形 ,然后是 nothing to be done 错误。我试图用绝对路径代替相对路径,但没有帮助:

samples='SCID_WT_CCA WT SCID plus_1 minus_1'
  rule all:
    input:
      expand('data_files/umap/{sample}_umap.csv', sample=samples.split(' '))

rule cluster:
  input:
    script = 'python/dbscan.py',
    path   = 'data_files/umap/{sample}_umap.csv'
  output:
    path = 'output/{sample}'
  shell:
    "python {input.script} -data {input.path} -eps '0.3' -min_samples '10' -path {output.path}"

2 回复 | 直到 6 年前

bli 6 年前

samples = 'SCID_WT_CCA WT SCID plus_1 minus_1'

rule all:
    input:
        expand('output/{sample}', sample=samples.split(' '))

rule cluster:
    input:
        script = 'python/dbscan.py',
        path   = 'data_files/umap/{sample}_umap.csv'
    output:
        path = 'output/{sample}'
    shell:
        "python {input.script} -data {input.path} -eps '0.3' -min_samples '10' -path {output.path}"

Nikita Vlasenko 6 年前

bli output/{sample} python snakemake output/file_name Snakefile

samples='SCID_WT_CCA WT SCID plus_1 minus_1'
rule all:
    input:
        expand('output/{sample}_umap.png', sample=samples.split(' ')),
        expand('output/{sample}_clusters.csv', sample=samples.split(' '))

rule cluster:
    input:
        script = 'python/dbscan.py',
        path   = 'data_files/umap/{sample}_umap.csv'
    output:
        path_to_umap = 'output/{sample}_umap.png',
        path_to_clusters = 'output/{sample}_clusters.csv'
    shell:
        "python {input.script} -data {input.path} -eps '0.3' -min_samples '10' -path_to_umap {output.path_to_umap} -path_to_clusters {output.path_to_clusters}"