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从列中拆分和子集数据.farme

NewUsr_stat · 技术社区 · 8 年前

如何使用strsplit从这种类型的字符串中提取模式NM_(一次)和Adora1?

“gene_id”“NM_001291928”“;transcript_id”“NM_001291928”“;gene_name”“Adora1”“;”

  strsplit(as.character(mydf[,1]), split=';', fixed=TRUE)

作为第一次尝试,至少分割线,然后子集我需要的,但没有成功。

我有一个数据框其中20000行的结构与上面的行相同,但内容当然不同。

有人能帮我吗?

先谢谢你

1 回复 | 直到 8 年前

Community Mohan Dere 6 年前

library(stringr)
library(dplyr)
str_remove_all(str1, '"') %>%
    str_extract_all("(?<=(gene_id|gene_name) )\\w+")
#[[1]]
#[1] "NM_001291928" "Adora1"

或使用 strsplit

lapply(strsplit(gsub('"', '', str1), '[; ]+'), `[`, c(2, 6))

str1 <- '"gene_id ""NM_001291928""; transcript_id ""NM_001291928""; gene_name ""Adora1"";"'

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