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使用snowfall::sfLapply时正在处理哪个列表元素?

lapply apply parallel-processing r list

Roman LuÅ¡trik · 技术社区 · 15 年前

假设我们有清单( mylist )用作 lapply 功能。有没有办法知道正在评估?这个方法应该有效和 snowfall::sfApply (可能还有其他人也适用于家庭成员)。

chat ,加文·辛普森提出了以下方法。这对但不是为了 sfApply . 我想避免额外的包裹或摆弄名单。有什么建议吗?

mylist <- list(a = 1:10, b = 1:10)
foo <- function(x) {
    deparse(substitute(x))
}
bar <- lapply(mylist, FUN = foo)

> bar
$a
[1] "X[[1L]]"

$b
[1] "X[[2L]]"

这是一个并行的版本,它没有削减它。

library(snowfall)
sfInit(parallel = TRUE, cpus = 2, type = "SOCK") # I use 2 cores

sfExport("foo", "mylist")
bar.para <- sfLapply(x = mylist, fun = foo)

> bar.para
$a
[1] "X[[1L]]"

$b
[1] "X[[1L]]"

sfStop()

2 回复 | 直到 15 年前

Gavin Simpson 15 年前

我想你在那次聊天中必须使用谢恩的解决方案/建议。将对象存储在列表中,使顶部列表的每个组件都包含一个名称、ID或实验包含在该列表组件中的组件,以及一个包含要处理的对象的组件:

obj <- list(list(ID = 1, obj = 1:10), list(ID = 2, obj = 1:10), 
            list(ID = 3, obj = 1:10), list(ID = 4, obj = 1:10),
            list(ID = 5, obj = 1:10))

所以我们有如下结构:

> str(obj)
List of 5
 $ :List of 2
  ..$ ID : num 1
  ..$ obj: int [1:10] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
 $ :List of 2
  ..$ ID : num 2
  ..$ obj: int [1:10] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
 $ :List of 2
  ..$ ID : num 3
  ..$ obj: int [1:10] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
 $ :List of 2
  ..$ ID : num 4
  ..$ obj: int [1:10] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
 $ :List of 2
  ..$ ID : num 5
  ..$ obj: int [1:10] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

在下面的函数中有类似于第一行的内容,然后是

foo <- function(x) {
    writeLines(paste("Processing Component:", x$ID))
    sum(x$obj)
}

这样做:

> res <- lapply(obj, foo)
Processing Component: 1
Processing Component: 2
Processing Component: 3
Processing Component: 4
Processing Component: 5

Roman LuÅ¡trik 11 年前

我也可以像这样改变属性。

mylist <- list(a = 1:10, b = 1:10)
attr(mylist[[1]], "seq") <- 1
attr(mylist[[2]], "seq") <- 2

foo <- function(x) {
    writeLines(paste("Processing Component:", attributes(x)))   
}
bar <- lapply(mylist, FUN = foo)

(和平行版本)

mylist <- list(a = 1:10, b = 1:10)
attr(mylist[[1]], "seq") <- 1
attr(mylist[[2]], "seq") <- 2

foo <- function(x) {
    x <- paste("Processing Component:", attributes(x))  
}
sfExport("mylist", "foo")
bar <- sfLapply(mylist, fun = foo)