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CSV Writer在保存包含多个零的矩阵时会忽略许多项

csv python-3.x

Nikita Vlasenko · 技术社区 · 6 年前

python csv 按以下方式编写:

def write_to_disk(csv_path, mtx_norm, cell_ids, gene_symbols):
    print('writing the results to disk')
    with open(csv_path,'w', encoding='utf8') as csvfile:
        writer = csv.writer(csvfile, delimiter=',')
        writer.writerow(["", cell_ids])
        for idx, row in enumerate(mtx_norm):
            writer.writerow([gene_symbols[idx], row])

我在矩阵里有很多零,还有什么 csv writer 所做的是缩小所有有许多相似数字(在本例中为零)的空间 ... 性格。因此,它被保存为一组具有不同长度的数组。然后,我有困难打开和使用它。我可以开非合同的 csv文件 按以下方式:

data = np.genfromtxt(open(path_to_data, "r"), delimiter=",")

文件夹。有没有办法避免这种收缩和/或打开这两种类型的门将它们转换为一种格式的文件- numpy 2D array 没有这些 ... 项目?

1 回复 | 直到 6 年前

Poolka 6 年前

如果使用numpy数组,应该考虑使用 numpy.savetxt() 改为函数 https://docs.scipy.org/doc/numpy-1.15.0/reference/generated/numpy.savetxt.html . 例如:

import numpy as np

a = np.random.randint(0, 10, (10, 10), dtype=int)
a[1:5, 1:8] = 0
np.savetxt('1.txt', a, fmt='%d', delimiter=',')

文件内容:

0,8,5,8,0,7,5,8,0,9
0,0,0,0,0,0,0,0,3,4
5,0,0,0,0,0,0,0,7,3
9,0,0,0,0,0,0,0,7,5
7,0,0,0,0,0,0,0,6,9
9,9,9,9,2,7,5,0,0,7
4,6,9,0,7,5,2,4,7,5
2,5,1,9,4,9,3,5,3,7
3,3,6,8,5,7,5,8,5,5
9,4,1,2,0,9,2,2,8,2

numpy.loadtxt() https://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.loadtxt.html :

a = np.loadtxt('1.txt', delimiter=',', dtype=int)

那么 a 是:

array([[0, 8, 5, 8, 0, 7, 5, 8, 0, 9],
       [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4],
       [5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 7, 3],
       [9, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 7, 5],
       [7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 6, 9],
       [9, 9, 9, 9, 2, 7, 5, 0, 0, 7],
       [4, 6, 9, 0, 7, 5, 2, 4, 7, 5],
       [2, 5, 1, 9, 4, 9, 3, 5, 3, 7],
       [3, 3, 6, 8, 5, 7, 5, 8, 5, 5],
       [9, 4, 1, 2, 0, 9, 2, 2, 8, 2]])

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