为什么“$”自动完成适用于生物导体的S4类“总结实验”

下面是一个简短的演示 example(SummarizedExperiment)

library(SummarizedExperiment)

nrows <- 200; ncols <- 6
counts <- matrix(runif(nrows * ncols, 1, 1e4), nrows)

rowRanges <- GRanges(rep(c("chr1", "chr2"), c(50, 150)),
                     IRanges(floor(runif(200, 1e5, 1e6)), width=100),
                     strand=sample(c("+", "-"), 200, TRUE),
                     feature_id=sprintf("ID%03d", 1:200))

colData <- DataFrame(Treatment=rep(c("ChIP", "Input"), 3), row.names=LETTERS[1:6])

rse <- SummarizedExperiment(assays=SimpleList(counts=counts),
                            rowRanges=rowRanges, colData=colData)

现在这个对象是:

> structure(rse)
class: RangedSummarizedExperiment
dim: 200 6
metadata(0):
assays(1): counts
rownames: NULL
rowData names(1): feature_id
colnames(6): A B ... E F
colData names(1): Treatment

似乎有自己的通用 $ LINK :

setMethod("$", "SummarizedExperiment",
    function(x, name)
{
    colData(x)[[name]]
})

制表符 在R控制台中,它自动完成 :

rse$<tab>
rse$Treatment

为什么会这样?我以为R只是自动完成的 $ 对于列表。