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行错误“x”必须是数字

neuron · 技术社区 · 7 年前

rowSums 但我有一些问题。以下是列名列表:

colnames(No_Low_No_Intergenic_snpeff)

"CHROM" "POS"   "REF"   "ALT"   "QUAL"  "ANN.ALLELE"    "ANN.EFFECT"
"ANN.IMPACT"    "ANN.GENE"  "ANN.GENEID"    "ANN.FEATURE"   "ANN.FEATUREID"
"ANN.HGVS_C"    "ANN.HGVS_P"    "ANN.ERRORS"    "GEN.C02141.GT" "GEN.C00611.GT"
"GEN.C00633.GT" "GEN.C00634.GT" "GEN.C00644.GT" "GEN.C00647.GT" "GEN.C00648.GT"
"GEN.C00649.GT" "GEN.C00650.GT" "GEN.C00653.GT" "GEN.C00655.GT" "GEN.C00656.GT"
"GEN.C00657.GT" "GEN.C00659.GT" "GEN.C00682.GT" "GEN.C00705.GT" "GEN.C00707.GT"
"GEN.C00720.GT" "GEN.C00783.GT" "GEN.C01431.GT" "GEN.C01944.GT" "GEN.C01943.GT"
"GEN.C01403.GT" "GEN.C01158.GT" "GEN.C01157.GT" "GEN.C01156.GT" "GEN.C01033.GT"
"GEN.C00736.GT" "GEN.C00639.GT" "GEN.C99686.GT"

GEN.Cxxxxx.GT 这些列中的所有值都在0-2之间。我尝试对第20:29列和第45列求和,然后将值放入名为 controls

No_Low_No_Intergenic_snpeff.scores$controls <- rowSums(No_Low_No_Intergenic_snpeff.scores[,20:29,45])

但当我尝试运行该命令时,会得到以下错误:

Error in rowSums(No_Low_No_Intergenic_snpeff.scores[, 20:29, 45]) : 'x' must be numeric

str(No_Low_No_Intergenic_snpeff.scores)

'data.frame':   1000 obs. of 11 variables:
$ GEN.C00644.GT: Factor w/ 3 levels "0","1","2": 3 1 1 3 3 3 2 1 3 1 ...
$ GEN.C00647.GT: Factor w/ 3 levels "0","1","2": 3 1 3 3 2 2 2 1 2 1 ...
$ GEN.C00648.GT: Factor w/ 3 levels "0","1","2": 3 1 1 3 3 3 1 1 2 1 ...
$ GEN.C00649.GT: Factor w/ 3 levels "0","1","2": 3 1 1 3 2 2 2 1 2 1 ...
...

1 回复 | 直到 7 年前

divibisan 7 年前

因为值不是 numeric str

GEN.C00650.GT: Factor w/ 3 levels "0","1","2": 3 1 3 3 3 3 1 1 3 1 ...

这些是班级 factor 数字 as.numeric

如果可以再次从文件导入数据,则可以使用 stringsAsFactors = FALSE

最简单的方法是使用 sapply

rowSums(sapply(No_Low_No_Intergenic_snpeff.scores[, c(20:29, 45)], as.numeric))

作为数字 rowSums

泰迪弗斯

mutate_if dplyr 将所有因子变量转换为数字。

library(dplyr)

No_Low_No_Intergenic_snpeff.scores <- No_Low_No_Intergenic_snpeff.scores %>%
    mutate_if(is.factor, as.numeric)

rowSums(No_Low_No_Intergenic_snpeff.scores[, c(20:29, 45)])

mutate_at ?select 要查看所有不同的方式,可以选择列。甚至可以将正则表达式用于 matches

No_Low_No_Intergenic_snpeff.scores <- No_Low_No_Intergenic_snpeff.scores %>%
    mutate_at(vars(matches('GEN.C\\d{5}.GT')), funs(as.numeric))

这将应用该功能 GEN.C\\d{5}.GT ,在哪里 \\d{5}

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