距离矩阵快,距离函数慢

我正在使用Python包 dtaidistance 用于快速DTW计算。如文档中所述,可以使用以下代码:

from dtaidistance import dtw
import numpy as np
series = np.matrix([
    [0.0, 0, 1, 2, 1, 0, 1, 0, 0],
    [0.0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
    [0.0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0]])
ds = dtw.distance_matrix_fast(series)

计算系列集合之间的DTW距离度量。我正在处理的时间序列的长度是3000。总的来说,我的每个数据集大约有3500个这样的系列。

source code )是真的。