代码之家 › 专栏 › 技术社区 › drmaa

为什么cat命令不在脚本中工作

cat scripting bash linux

-3

drmaa · 技术社区 · 8 年前

我有下面的脚本,它有一个错误。我正在尝试将所有文件合并到一个大文件中。从命令行,cat commant工作正常,内容被打印到重定向文件。从脚本来看,它有时会工作,但不是在另一时间。我不知道为什么它的行为异常。请帮忙。

#!/bin/bash

### For loop starts ###

for D in `find . -type d`
do

        combo=`find $D -maxdepth 1 -type f -name "combo.txt"`
        cat $combo >> bigcombo.tsv

done

这是的输出 bash -x app.sh

++ find . -type d
+ for D in '`find . -type d`'
++ find . -maxdepth 1 -type f -name combo.txt
+ combo=
+ cat
^C

更新:

#!/bin/bash

### For loop starts ###
rm -rf bigcombo.tsv

for D in `find . -type d`
do

                psi=`find $D -maxdepth 1 -type f -name "*.psi_filtered"`
                # This will give us only the directory path from find result i.e. removing filename.
                directory=$(dirname "${psi}")
                cat $directory"/selectedcombo.txt" >> bigcombo.tsv


done

1 回复 | 直到 8 年前

1

2

tripleee 8 年前

明显的问题是你试图 cat 不存在的文件。

次要问题与效率和正确性有关。最好避免运行两个嵌套循环,尽管在这里将操作拆分为两个步骤仅仅是不雅的;内部循环最多只执行一次。将命令结果捕获到变量中是一个常见的初学者反模式;通常可以避免只使用一次的变量,并避免将shell内存中的cruft乱扔(并且巧合地解决了缺少引号的多个问题-包含文件或目录名的变量基本上应该始终插入双引号)。重定向最好在任何包含循环之外执行;

rm file
while something; do
    another thing >>file
done

将打开、查找文件的结尾、写入和关闭文件的次数与循环运行的次数相同,而

while something; do
    another thing
done >file

只执行一次“打开”、“查找”和“关闭”操作,并避免在开始循环之前清除文件。尽管您的脚本可以重构为完全没有任何循环;

find ./*/ -type f -name "*.psi_filtered" -execdir cat selectedcombo.txt \;> bigcombo.tsv

根据您的问题,可能存在包含 combo.txt 但里面没有 *.psi_filtered 文件夹。也许你想 locate and examine these directories.