Jupyter可以在Python笔记本中运行单独的R笔记本吗?

我认为你不能使用 %run 当它在当前内核中执行文件时,以这种方式执行magic命令。

Nbconvert有一个执行API,允许您执行笔记本电脑。因此,您可以创建一个shell脚本来执行所有笔记本,如下所示:

#!/bin/bash
jupyter nbconvert --to notebook --execute 1_py3.ipynb
jupyter nbconvert --to notebook --execute 2_py3.ipynb
jupyter nbconvert --to notebook --execute 3_py3.ipynb
jupyter nbconvert --to notebook --execute 4_R.ipynb

因为你的笔记本电脑不需要共享状态,这应该没问题。或者,如果您真的想在笔记本中执行,可以使用execute Python API从笔记本中调用nbconvert。

import nbformat
from nbconvert.preprocessors import ExecutePreprocessor

with open("1_py3.ipynb") as f1, open("2_py3.ipynb") as f2, open("3_py3.ipynb") as f3, open("4_R.ipynb") as f4:
    nb1 = nbformat.read(f1, as_version=4)
    nb2 = nbformat.read(f2, as_version=4)
    nb3 = nbformat.read(f3, as_version=4)
    nb4 = nbformat.read(f4, as_version=4)

ep_python = ExecutePreprocessor(timeout=600, kernel_name='python3')
#Use jupyter kernelspec list to find out what the kernel is called on your system
ep_R = ExecutePreprocessor(timeout=600, kernel_name='ir')

# path specifies which folder to execute the notebooks in, so set it to the one that you need so your file path references are correct
ep_python.preprocess(nb1, {'metadata': {'path': 'notebooks/'}})
ep_python.preprocess(nb2, {'metadata': {'path': 'notebooks/'}})
ep_python.preprocess(nb3, {'metadata': {'path': 'notebooks/'}})
ep_R.preprocess(nb4, {'metadata': {'path': 'notebooks/'}})

with open("1_py3.ipynb", "wt") as f1, open("2_py3.ipynb", "wt") as f2, open("3_py3.ipynb", "wt") as f3, open("4_R.ipynb", "wt") as f4:
    nbformat.write(nb1, f1)
    nbformat.write(nb2, f2)
    nbformat.write(nb3, f3)
    nbformat.write(nb4, f4)

请注意,这几乎只是从nbconvert execute API文档复制的示例: link

我能够使用 the answer 实现从python3笔记本运行R笔记本的两种解决方案。

1.致电nbconvert ! shell命令

添加一个简单的 python3笔记本的shell命令:

!jupyter nbconvert --to notebook --execute r.ipynb

笔记本看起来像这样:

1. %run '1_py3.ipynb'
2. %run '2_py3.ipynb'
3. %run '3_py3.ipynb'
4. !jupyter nbconvert --to notebook --execute 4_R.ipynb

这似乎简单易用。

将其添加到批处理笔记本中的单元格:

import nbformat
from nbconvert.preprocessors import ExecutePreprocessor

rnotebook = "r.ipynb"
rnotebook_out = "r_out.ipynb"
rnotebook_path = '/home/jovyan/work/'

with open(rnotebook) as f1:
    nb1 = nbformat.read(f1, as_version=4)

ep_R = ExecutePreprocessor(timeout=600, kernel_name='ir')
ep_R.preprocess(nb1, {'metadata': {'path': rnotebook_path}})

with open(rnotebook_out, "wt") as f1:
    nbformat.write(nb1, f1)

这是基于Louise Davies的回答(基于nbcovert docs示例),但它只处理一个文件——非R文件可以在单独的单元格中处理,并使用 %run .

如果批处理笔记本与其正在执行的笔记本位于同一文件夹中,则可以使用 %pwd shell magic,返回批处理笔记本的路径。

当我们使用nbformat时。write我们可以在替换原始笔记本(方便直观,但可能会损坏或破坏文件)和创建新的输出文件之间进行选择。如果不需要单元格输出(例如,在处理文件和写入日志的工作流中),第三种选择是完全忽略写入单元格输出。

这两种方法的一个缺点是,它们不会将单元格结果通过管道传回主笔记本显示器,这与传统方法相反 %运行 在笔记本的结果单元格中显示笔记本的输出。这个 !jupyter nbconvert import nbconvert 这个方法什么也没告诉我。