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在python中将ascii编码转换为int再转换回来(快速)

cython performance algorithm python

seandavi · 技术社区 · 14 年前

我有一个文件格式(fastq格式),它将一个整数字符串编码为一个字符串,其中每个整数由一个带偏移量的ascii代码表示。不幸的是,有两种常用编码,一种偏移量为33,另一种偏移量为64。我通常有几个长度为80-150的一亿个字符串要从一个偏移量转换到另一个偏移量。我能想到的最简单的代码就是:

def phred64ToStdqual(qualin):
    return(''.join([chr(ord(x)-31) for x in qualin]))

ctoi = {}
itoc = {}
for i in xrange(127):
    itoc[i]=chr(i)
    ctoi[chr(i)]=i

def phred64ToStdqual2(qualin):
    return(''.join([itoc[ctoi[x]-31] for x in qualin]))

如果我盲目地在赛顿下面跑,我会把它降到不到1秒。

谢谢,

肖恩

1 回复 | 直到 14 年前

Mike Axiak 14 年前

如果你看一下urllib.quote文件,有些东西和你现在做的很相似。它看起来像:

_map = {}
def phred64ToStdqual2(qualin):
    if not _map:
        for i in range(31, 127):
            _map[chr(i)] = chr(i - 31)
    return ''.join(map(_map.__getitem__, qualin))

请注意,如果映射的长度不相同(在urllib.quote文件,必须取“%”->“%25”。

但实际上,由于每个翻译都是相同的长度,python有一个函数可以非常快速地完成: maketrans translate

import string
_trans = None
def phred64ToStdqual4(qualin):
    global _trans
    if not _trans:
        _trans = string.maketrans(''.join(chr(i) for i in range(31, 127)), ''.join(chr(i) for i in range(127 - 31)))
    return qualin.translate(_trans)

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