有办法在R中读写内存文件吗?

我不太了解R,但你看过 mmap package

看起来ShortRead很快就会添加一个“FastqStreamer”类来实现我想要的功能。

好吧,我不知道readFastq是否接受文件以外的东西。。。

例如,要获得90到100行,可以使用以下命令:

head file.txt -n 100 | tail -n 10

所以你可以把文件分块读。

顺便说一下,通常如何在R中执行内存文件(如Perl的IO::Scalar)的答案是 textConnection 功能。遗憾的是,ShortRead包不能将textConnection对象作为输入来处理,因此,虽然我在将一个小文件分块读取到内存中的文件中,然后对这些文件进行逐位解析的问题上所表达的想法,对于许多应用程序来说肯定是可能的,但不适用于特定的应用程序,因为ShortRead不喜欢textConnections。所以解决方案是上面描述的FastqStreamer类。