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让R打印包含“,”和转义字符的系统调用\

quotes escaping r

colin · 技术社区 · 6 年前

system(paste0('my command'))

但是,我要粘贴的命令包含单引号和双引号以及转义字符。具体来说,我想粘贴这个命令:

perl -pe '/^>/ ? print "\n" : chomp' in.fasta | tail -n +2 > out.fasta

system() 功能?

1 回复 | 直到 6 年前

Suhas Hegde 6 年前

嘿,我还没测试过你的 perl this 还有更多的问题。我的方法,

# shouldnt have any text expect for an empty string
my_text <- try(system(" perl -e 'print \"\n\"' ", intern = TRUE))
my_text

[1] ""


# should contain the string - Hello perl from R!
my_text2 <- try(system(" perl -e 'print \"Hello perl from R!\"' ", intern = TRUE))
my_text2

[1] "Hello perl from R!"

所以根据以上的试验,我认为这对你有用-

try(system(command = "perl -pe '/^>/ ? print \"\n\" : chomp' in.fasta | tail -n +2 > out.fasta", intern = TRUE))

intern = TRUE 只需将输出捕获为R中的字符向量。

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