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如何告诉f2py模块在当前目录中查找共享对象依赖项

f2py shared-libraries linux python

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Vince W. · 技术社区 · 6 年前

system: lubuntu 18.04, running in VirtualBox

假设我有以下源目录(代码位于底部):

/f2pyproject/
  - lib.f
  - prog.f
  - f2pyprog.f
  - test.py

prog.f 是一个简单的Fortran可执行文件,它将调用从中编译的共享对象中的子例程 lib.f .

要实现这一点:

>>> gfortran -shared lib.f -o lib.so
>>> gfortran prog.f lib.so -o prog.exe -Wl,-rpath=.
>>> ./prog.exe
    hello world

何处 -Wl,-rpath=. 选项告诉prog.exe在当前目录中查找其链接的共享对象,这样我就不必担心 $LD_LIBRARY_PATH

现在我想在python中调用这个相同的链接子例程,所以我用f2py调用编译f2pyprog.f:

>>> python3 -m numpy.f2py -c f2pyprog.f lib.so -m prog

在这种情况下, prog.cpython-blah-blah.so 是一个共享对象,而不是一个可执行文件,所以我不知道的是,如何在不必担心ld_library_路径的情况下调用此工作流,而将共享对象保持在与f2py编译库相同的目录中。

调用test.py失败:

>>> python3 test.py  (fails with ImportError, cannot open shared object file)

首先设置ld_library_path成功:

>>> export LD_LIBRARY_PATH=`pwd`
>>> python3 test.py
    hello world

主要问题:

是否可以用当前目录中链接的共享对象来构建这个(或任何)f2py扩展,方法是使用-rpath linker选项,而不必担心 $ld_库路径 环境变量?

资料来源:

自由:

  subroutine helloworld()
      print*, "hello world"
  return
  end subroutine

F:

  program helloworldprog
    call helloworld()
  end program helloworldprog

F2PYPROG.F:

  subroutine pyhelloworld()
    call helloworld()
  return
  end subroutine

Py

import os
from os import path
# has no effect, presumably because this needs to be set before python starts
os.environ['LD_LIBRARY_PATH'] = path.abspath(path.dirname(__file__))  

import prog
prog.pyhelloworld()

1 回复 | 直到 6 年前

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Vince W. 6 年前

设置env变量 export LDFLAGS=-Wl,-rpath=.
设置env变量 export NPY_DISTUTILS_APPEND_FLAGS=1
升级 numpy 到 1.16.0 或更大

尽管在f2py中无法从命令行传递链接器标志,但它将读取 LDFLAGS 环境变量。但是,违约 behavior for numpy is to overwrite the flags 用于编译,而不是附加它们,如果所需标志不在中,则会导致编译失败。 LDFLAGS . Support was added in numpy version 1.16.0 用于通过设置环境变量附加这些链接器标志 NPY_DISTUTILS_APPEND_FLAGS=1

>>> unset LD_LIBRARY_FLAGS   # just in case was set before
>>> export LDFLAGS=-Wl,-rpath=.
>>> export NPY_DISTUTILS_APPEND_FLAGS=1
>>> python3 -m numpy.f2py -c progpy.f lib.so -m prog
>>> python3 test.py
    hello world