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使用trace在R中编辑函数?

trace edit function r

MHeydt · 技术社区 · 8 年前

我注意到我想要使用的包中的函数中有一个bug。GitHub上出现了一个问题,但创建者还没有解决这个问题,我需要尽快使用这个函数。

因此,我想编辑代码。显然,这可以通过编辑源代码、重新打包和安装整个包来实现,我可以重写函数并重新分配名称空间,但也可以通过在当前会话中使用 trace() 。

我已经发现我可以做到:

as.list(body(package:::function_inside_function))

我要编辑的行位于第二函数的步骤。

具体来说,它是 this line 在我需要编辑的代码中。我得换衣服 ignore.case 到 ignore.case=TRUE 。链接失效的示例:

functionx(){if{...} else if(grepl("miRNA", data.type, ignore.case)) {...}}

我还没有找到一个实际的例子来说明如何从这里开始,所以有人能给我一个例子来说明如何做到这一点,或者给我一个使用trace的实际例子吗?或者将函数重新分配给名称空间?

2 回复 | 直到 5 年前

RolandASc 8 年前

对于您的具体情况,您可能确实可以使用 trace 。

从你提供的链接我不知道你为什么说 函数中的函数 ,但这应该是可行的:

# example
trace("grepl", tracer = quote(ignore.case <- TRUE))

grepl("hi", "Hi")
## Tracing grepl("hi", "Hi") on entry 
## [1] TRUE

# your case (I assume)
trace("readTranscriptomeProfiling", tracer = quote(ignore.case <- TRUE))

注意,如果参数 ignore.case 您要修复的在呼叫中的位置不正确。

gfgm 8 年前

我曾经遇到过类似的问题,并使用 assignInNamespace() 。我没有安装你的软件包,所以我不能确定这是否适合你,但我认为应该这样。您将按以下步骤进行:

生成所需功能的编辑版本:

# I would just copy the function off github and change the offending line
readTranscripttomeProfiling <- function() {"Insert code here"}

# Get the problematic version of the function out of the package namespace
tmpfun <- get("readTranscripttomeProfiling", 
               envir = asNamespace("TCGAbiolinks"))

# Make sure the new function has the environment of the old 
# function (there are possibly easier ways to do this -- I like 
# to get the old function out of the namespace to be sure I can do 
# it and am accessing what I want to access)
environment(readTranscripttomeProfiling) <- environment(tmpfun)
# Replace the old version of the function in the package namespace
# with your new version
assignInNamespace("readTranscripttomeProfiling", 
                   readTranscripttomeProfiling, ns = "TCGAbiolinks")

我在另一个StackOverflow响应中找到了此解决方案,但目前似乎找不到原始解决方案。