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将多个文件夹中的多个文件保存为R中每个文件夹的一个文件

export dplyr csv r

blazej · 技术社区 · 6 年前

getwd() subject 列并编写一个 .csv 对于每个文件夹。

到目前为止,我成功地做到了以下几点,但它只适用于手动切换文件夹:

library(tidyverse)

dir <- "AP4T/"     
APT4 <-
list.files(path = dir, pattern = "*_PULS.log") %>%
map_df(~read_table2(., skip = 5), .id="file") %>%
select(-CHANNEL, -SIGNAL)

write_csv2(APT4, path = "APT4T/resp.csv")

例如:

dir<-list.dirs(, full.names = T, recursive = T)
for(i in dir){
  list.files(path = dir, pattern = "*_RESP.log", full.names = T) %>%
    map_df(~read_table2(., skip = 5), .id="file") %>%
    select(-CHANNEL, -SIGNAL) %>%
    write_csv(., path = "resp.csv")
}

此外,即使是单个文件也是巨大的,我的处理软件在每个参与者一个文件的基础上工作得更好。这就是为什么我希望将匹配模式的结果存储在单独的文件中,并为其添加列
-在一个文件夹中遇到的文件数-通过添加 .id="file 到 ~read_table2() 呼叫
-文件夹名称(文件夹=主题)

谢谢你的帮助

1 回复 | 直到 6 年前

blazej 6 年前

我最终找到了自己的方法:

library(tidyverse)

# save list of all directories in main/ folder

dir <-list.dirs (path = "main", full.names = T, recursive = T)

#remove 1st item as it points to main directory

dir <- dir[2:73]

# loop over all directories and aggregate files containing "_RESP"

for(i in 1:length(dir))
{
di <- dir[i]

df<-list.files(path = di, pattern = "*_RESP.log", full.names = T) %>%
  map_df(~read_table2(., skip = 5), .id="file")

# Store each merge in separate files with folder as file name

write.csv(df, file = paste0(di,"_RESP",".csv"), row.names = FALSE)
}

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