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Scipy树状图的简单着色

hierarchical-clustering scipy python

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maurobio · 技术社区 · 7 年前

我正在尝试使用Scipy创建单色(如黑白)树状图。在Scipy文档之后,我一直在使用set_link_color_pallete函数,但是只得到一个黑色的组,而树状图的其余部分是蓝色的(参见下图)。

以下是我的测试代码:

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.cluster import hierarchy

ytdist = np.array([662., 877., 255., 412., 996., 295., 468., 268.,
                    400., 754., 564., 138., 219., 869., 669.])
Z = hierarchy.linkage(ytdist, 'single')
hierarchy.set_link_color_palette(['k', 'k', 'k', 'k', 'k'])
dn = hierarchy.dendrogram(Z)
plt.show()

Here 这是一个应该解决这个问题的问题,但我不能非常清楚地理解它。

有什么提示或建议吗?

1 回复 | 直到 7 年前

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Ghost 7 年前

一个简单的方法是设置一个 color_threshold 0 然后设置 above_threshold_color 到 'k'

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.cluster import hierarchy

ytdist = np.array([662., 877., 255., 412., 996., 295., 468., 268.,
                    400., 754., 564., 138., 219., 869., 669.])
Z = hierarchy.linkage(ytdist, 'single')
dn = hierarchy.dendrogram(Z, color_threshold=0, above_threshold_color='k')
plt.show()