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无法对Elki使用预先计算的距离

elki k-means data-mining cluster-analysis

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abhgh · 技术社区 · 11 年前

我正在尝试使用Elki预先计算的距离,但由于某种原因,它无法正常工作。我已阅读此处的说明: http://elki.dbs.ifi.lmu.de/wiki/HowTo/PrecomputedDistances 关于SO的问题: ELKI - input distance matrix .

不幸的是,我仍然无法让ELKI工作。

这是我在bash shell中运行的命令:

java -jar  elki.jar -verbose  -dbc.filter FixedDBIDsFilter -dbc.startid 0 -dbc.in elki_dummy_ids -algorithm clustering.kmeans.KMeansLloyd -algorithm.distancefunction external.FileBasedDoubleDistanceFunction -distance.matrix elki_sample_dist_ut.txt -kmeans.k 3

以下是参数中文件的内容:

$cat elki_dummy_ids
0
1
2


$cat elki_sample_dist_ut.txt
0 0 0.0000
0 1 0.8876
0 2 0.8571
1 1 0.0
1 2 0.9059
2 2 0.0

我也尝试了使用下三角距离矩阵:

$cat elki_sample_dist_lt.txt
0 0 0.0000
1 0 0.8876
1 1 0.0
2 0 0.8571
2 1 0.9059
2 2 0.0

但这也没有运气。我一直收到这个错误(被截断-但如果您需要完整的错误消息,请告诉我):

未处理以下参数: [external.FileBasedDoubleDistanceFunction,实例矩阵, elki_sample_dist_ut.txt]任务未完全配置:

参数algorithm.distancefunction的值错误。读取: de.lmu.ifi.dbs.elki.distance距离函数外部文件基双距离函数。预期:距离函数,用于确定数据库之间的距离物体。实施 de.lmu.ifi.dbs.elki.distance距离函数基本距离函数已知类(默认包 de.lmu.ifi.dbs.leki.distance距离函数):

我正在使用 OpenJDK运行时环境(IcedTea 2.4.7)(7u55-2.4.7-1ubuntu1) 和 埃尔基0.6.0 .

有人能指出我在这里遗漏了什么吗?提前感谢!

1 回复 | 直到 9 年前

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Has QUIT--Anony-Mousse 11 年前

k均值不能可用于预先计算的距离。

因为它计算从点到质心 ,这是您以前不知道的,因此无法预先计算。

加上k均值应该只能用于 数字的 数据,带有 平方欧几里德距离 否则可能无法收敛。这个 意思是 最小化平方偏差之和,以及 不会最小化任意距离 .

你可能正在寻找PAM,k-medoids,DBSCAN,OPTICS,HAC。。。这些算法做使用其他距离,并且只需要成对的距离。