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嵌套for循环输入终端

shell bash python

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Workhorse · 技术社区 · 7 年前

我有一个包含31个不同文件的目录,每个文件代表一个cell_类型(这些文件的示例如下所示)。

topControlGenes.GeneSet                          
topProjection_Cluster5Genes.GeneSet
topAstrocytesGenes.GeneSet                       
topProjection_Cluster6Genes.GeneSet
topNeuronsInhCGE1Genes.GeneSet  
topNeuronsInhCGE2Genes.GeneSet

我有一个脚本,为每个cell_类型的文件生成22个新文件(所以31*22=682个文件)。

for i in `seq 1 22`; do python make_annot.py --gene-set-file CELL_TYPEGenes.GeneSet  --bimfile ../../1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.${i}.bim --annot-file CELL_TYPE.${i}.annot.gz;done

这对每个文件都很有效,但我不希望每次脚本完成时都更改命令中的名称。相反,我想对目录中的每个文件运行此命令。

有办法吗?

2 回复 | 直到 7 年前

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Ollin Boer Bohan 7 年前

下面是一个使用嵌套for循环的可能解决方案:

# Iterate over all GeneSet files
for f in *.GeneSet; do
    # Figure out the cell type by removing "Genes.GeneSet" from the end of the filename
    cell_type=${f%Genes.GeneSet}
    # Process the file
    echo "Processing file: $f with cell type $cell_type"
    for i in {1..22}; do
        python make_annot.py --gene-set-file "$f"  --bimfile ../../1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.${i}.bim --annot-file ${cell_type}.${i}.annot.gz
    done
done

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Allan 7 年前

您可以使用以下嵌套 for 循环:

for f in *Genes.GeneSet 
do 
    for i in `seq 1 22`
    do 
        python make_annot.py --gene-set-file "${f}"  --bimfile ../../1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.${i}.bim --annot-file `echo "${f}" | grep -oP '^.*(?=Genes.Geneset$)'`.${i}.annot.gz; 
    done
done

这会让你的 CELL_TYPEGenes.GeneSet 你的 CELL_TYPE.${i}.annot.gz 产生 31 * 22 = 682 files 组合

在哪里? echo "${f}" | grep -oP '^.*(?=Genes.Geneset$)' 用于获取文件名的单元格类型部分