如何从R脚本读取命令行参数?

Dirk's answer here 是你所需要的一切。这是一个最小的可重复的例子。

我做了两个文件: exmpl.bat 和 exmpl.R .

• 蝙蝠 :

  set R_Script="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"
  %R_Script% exmpl.R 2010-01-28 example 100 > exmpl.batch 2>&1
  

  或者,使用 Rterm.exe :

  set R_TERM="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\i386\Rterm.exe"
  %R_TERM% --no-restore --no-save --args 2010-01-28 example 100 < exmpl.R > exmpl.batch 2>&1
  

• EXMPL 以下内容:

  options(echo=TRUE) # if you want see commands in output file
  args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
  print(args)
  # trailingOnly=TRUE means that only your arguments are returned, check:
  # print(commandArgs(trailingOnly=FALSE))
  
  start_date <- as.Date(args[1])
  name <- args[2]
  n <- as.integer(args[3])
  rm(args)
  
  # Some computations:
  x <- rnorm(n)
  png(paste(name,".png",sep=""))
  plot(start_date+(1L:n), x)
  dev.off()
  
  summary(x)
  

将两个文件保存在同一目录中并启动 蝙蝠 . 结果你会得到:

• example.png 有些阴谋
• exmpl.batch 所有这些都完成了

还可以添加环境变量 %R_Script% :

"C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"

在批处理脚本中使用它作为 %R_Script% <filename.r> <arguments>

之间的差异 RScript 和 Rterm :

• Rscript 具有更简单的语法
• RScript 自动选择X64上的体系结构(请参见 R Installation and Administration, 2.6 Sub-architectures 详情)
• RScript 需要 options(echo=TRUE) 在.r文件中,如果要将命令写入输出文件

几点:

1. 命令行参数为 可通过的通道 commandArgs() 如此 看见 help(commandArgs) 对于一个 概述。

2. 你可以使用 Rscript.exe 在所有平台上,包括窗口。它将支持 命令集() . littler 可以移植到Windows,但现在只能在OS X和Linux上运行。

3. 起重机上有两个附加组件-- getopt 和 optparse --它们都是为命令行解析而编写的。

2015年11月编辑: 新的选择出现了,我 全心全意 推荐 docopt .

将此添加到脚本顶部:

args<-commandArgs(TRUE)

然后可以引用作为 args[1] , args[2] 等。

然后运行

Rscript myscript.R arg1 arg2 arg3

如果参数是包含空格的字符串,请用双引号括起来。

尝试库(getopt)…如果你想让事情更美好。例如:

spec <- matrix(c(
        'in'     , 'i', 1, "character", "file from fastq-stats -x (required)",
        'gc'     , 'g', 1, "character", "input gc content file (optional)",
        'out'    , 'o', 1, "character", "output filename (optional)",
        'help'   , 'h', 0, "logical",   "this help"
),ncol=5,byrow=T)

opt = getopt(spec);

if (!is.null(opt$help) || is.null(opt$in)) {
    cat(paste(getopt(spec, usage=T),"\n"));
    q();
}

你需要 littler (发音为‘小R’)

德克将在大约15分钟内赶到现场进行详细说明;)

自从 optparse 在答案中提到过几次,它为命令行处理提供了一个全面的工具包,下面是一个简单的示例,说明如何使用它,假设输入文件存在:

脚本:

library(optparse)

option_list <- list(
  make_option(c("-n", "--count_lines"), action="store_true", default=FALSE,
    help="Count the line numbers [default]"),
  make_option(c("-f", "--factor"), type="integer", default=3,
    help="Multiply output by this number [default %default]")
)

parser <- OptionParser(usage="%prog [options] file", option_list=option_list)

args <- parse_args(parser, positional_arguments = 1)
opt <- args$options
file <- args$args

if(opt$count_lines) {
  print(paste(length(readLines(file)) * opt$factor))
}

给定任意文件 blah.txt 有23行。

在命令行上:

Rscript script.R -h 输出

Usage: script.R [options] file


Options:
        -n, --count_lines
                Count the line numbers [default]

        -f FACTOR, --factor=FACTOR
                Multiply output by this number [default 3]

        -h, --help
                Show this help message and exit

Rscript script.R -n blah.txt 输出 [1] "69"

Rscript script.R -n -f 5 blah.txt 输出 [1] "115"

在bash中,您可以构建如下命令行:

$ z=10
$ echo $z
10
$ Rscript -e "args<-commandArgs(TRUE);x=args[1]:args[2];x;mean(x);sd(x)" 1 $z
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
[1] 5.5
[1] 3.027650
$

你可以看到变量 $z 被bash shell替换为“10”,该值由 commandArgs 并喂入 args[2] 和RANGE命令 x=1:10 由R成功执行等。

仅供参考:有一个函数args(),它检索r函数的参数,不要与名为args的参数向量混淆。

如果需要使用标记指定选项(如-h、-help、-number=42等),则可以使用r包optparse(源自python): http://cran.r-project.org/web/packages/optparse/vignettes/optparse.pdf .

至少我是这样理解你的问题的,因为我在寻找与bash getopt、perl getopt、python argparse和optparse等效的东西时找到了这篇文章。

我只是将一个好的数据结构和处理链组合在一起,以生成这种交换行为,不需要库。我确信它将被多次实现,并且在这个线程中找到了一些例子——我认为我会插手进来。

我甚至不需要特别的标志(这里唯一的标志是调试模式,创建一个变量,作为启动下游函数的条件进行检查 if (!exists(debug.mode)) {...} else {print(variables)}) . 旗子检查 lapply 下面的陈述与以下内容相同:

if ("--debug" %in% args) debug.mode <- T
if ("-h" %in% args || "--help" %in% args) 

在哪里? args 是从命令行参数(字符向量,相当于 c('--debug','--help') 例如,当您在上提供这些时)

它对于任何其他标志都是可重用的,并且您可以避免所有重复,并且没有库,因此没有依赖项:

args <- commandArgs(TRUE)

flag.details <- list(
"debug" = list(
  def = "Print variables rather than executing function XYZ...",
  flag = "--debug",
  output = "debug.mode <- T"),
"help" = list(
  def = "Display flag definitions",
  flag = c("-h","--help"),
  output = "cat(help.prompt)") )

flag.conditions <- lapply(flag.details, function(x) {
  paste0(paste0('"',x$flag,'"'), sep = " %in% args", collapse = " || ")
})
flag.truth.table <- unlist(lapply(flag.conditions, function(x) {
  if (eval(parse(text = x))) {
    return(T)
  } else return(F)
}))

help.prompts <- lapply(names(flag.truth.table), function(x){
# joins 2-space-separatated flags with a tab-space to the flag description
  paste0(c(paste0(flag.details[x][[1]][['flag']], collapse="  "),
  flag.details[x][[1]][['def']]), collapse="\t")
} )

help.prompt <- paste(c(unlist(help.prompts),''),collapse="\n\n")

# The following lines handle the flags, running the corresponding 'output' entry in flag.details for any supplied
flag.output <- unlist(lapply(names(flag.truth.table), function(x){
  if (flag.truth.table[x]) return(flag.details[x][[1]][['output']])
}))
eval(parse(text = flag.output))

请注意 flag.details 在这里,命令存储为字符串,然后用 eval(parse(text = '...')) . optparse显然对任何严肃的脚本都是可取的,但是最小功能代码有时也很好。

样品输出:

$ Rscript check_mail.Rscript --help
--debug Print  variables rather than executing function XYZ...

-h  --help  Display flag definitions