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如何在Snakefile中提供snakemake选项?

snakemake

Manavalan Gajapathy Pal · 技术社区 · 5 年前

我想在snakefile(即snakemake脚本)中指定singularity绑定路径,而不是通过命令行。我相信这可以通过他们的api通过 from snakemake import something

广义地说 ,我们如何通过Snakefile中的api为snakemake提供选项/参数?

0 回复 | 直到 5 年前

Maarten-vd-Sande 5 年前

我做了一个管道来做一些事情,其中之一就是下载样本。同时开始30次下载是浪费资源,所以我想限制并行下载的数量,我不想总是通过 --resources parallel_resources=1

workflow.global_resources.update({'parallel_downloads': 1})

p、这根本不是通过API实现的,也不能保证在不同版本之间工作

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