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二进制数据热图

bioconductor heatmap r

Devyani Samantarai · 技术社区 · 7 年前

谁能告诉我如何绘制二进制数据的热图,类似于此链接中的热图- Binary R heatmap still displays gradient ,则,

我试图这样做,但我想我无法正确地输入文件。这是我想要绘制的数据的链接- https://www.dropbox.com/s/7k1uskwrfuaugw3/Dataset.csv?dl=0

这是我的数据的一个子集-

Strains gene1   gene2   gene3   gene4   gene5
strain1 1   1   1   1   1
strain2 1   1   1   1   1
strain3 1   1   1   1   1
strain4 1   1   1   1   1
strain5 1   1   1   1   1
strain6 1   1   1   1   1
strain7 1   1   1   1   1
strain8 1   1   1   1   1
strain9 1   1   0   0   0

我得到的结果是:

library(gplots)
file1<- read.csv('Dataset.csv',header = T)
class(file1)
dat <- data.frame(file1)
dim(dat)
names(dat)
head(dat)
rownames(dat) <-dat$Strains
head(dat)
dim(dat)
head(dat)
dat.tdy <- dat[,2:26]
dat.n <- scale(t(dat.tdy))
dat.tn <- t(dat.n)
col = c("black", "grey")
row_names <- rownames(dat.tn)
heatmap.2(dat.tn, scale = "none", Rowv = NA, Colv = NA, col = c("black", "grey"), margin=c(6, 4),trace='none',labRow = row_names,
      lhei=c(1,4),cexRow = 1,cexCol = 1,
      lwid=c(.1,1), keysize=0.1, key.par = list(cex=0.5), sepwidth=c(0.1,0.1),
      sepcolor="white",
      colsep=1:ncol(dat),
      rowsep=1:nrow(dat))

这段代码运行正常并给出了输出,但当我与输入文件交叉检查时,我发现热图中的颜色矩阵与输入文件不同。例如,在热图中,gene7只有一个黑匣子,但实际上输入文件中几乎有13个零。

我觉得有一种更简单的方法。。但由于我对R还不熟悉,我无法理解它。我在提供输入文件时出错了。请帮忙。谢谢

2 回复 | 直到 7 年前

kcm 7 年前

请尝试此代码您在维度中出错

library(gplots)
file1<- read.csv('Dataset.csv',header = T,row.names = 1)
class(file1)
dat <- data.frame(file1)
dim(dat)
names(dat)
head(dat)
rownames(dat) <-dat$Strains
head(dat)
dim(dat)
head(dat)
dat.tdy <- dat[,1:25]
dat.n <- scale(t(dat.tdy))
dat.tn <- t(dat.n)
col = c("black", "grey")
row_names <- rownames(dat.tn)
heatmap.2(dat.tn, scale = "none", Rowv = NA, Colv = NA, col = c("black", "grey"), margin=c(6, 4),trace='none',labRow = FALSE,
          lhei=c(1,4),cexRow = 1,cexCol = 1,
          lwid=c(.1,1), keysize=0.1, key.par = list(cex=0.5), sepwidth=c(0.1,0.1),
          sepcolor="white",
          colsep=1:ncol(dat),
          rowsep=1:nrow(dat))

Devyani Samantarai 7 年前

我找到了一个非常简单的代码来绘制二进制热图-

library(d3heatmap)
x<- read.csv("Dataset.csv", header = T, row.names = 1)
d3heatmap(x, Colv = NA,Rowv = NA, col = c("blue", "red"), scale="none", cexRow = 0.6,cexCol = 1)

使用的示例数据集-

RC  C1  C2  C3  C4
R1  1   1   0   1
R2  0   1   1   0
R3  0   1   1   1
R4  1   1   1   0
R5  1   1   1   1
R6  0   0   0   1
R7  1   1   1   1
R8  1   1   1   1
R9  0   1   1   1
R10 1   1   0   0