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R:rJava包安装失败

rjava r

JD Long · 技术社区 · 15 年前

使用 install.packages("rJava") 命令I出现以下错误:

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ârJavaâ

我已经安装了javajdk java -version

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

当我在google上搜索错误时,我发现其他人也有同样的问题,但除了我所做的“安装整个JDK,而不仅仅是JRE”之外,没有找到其他解决方案。

我读到的另一件事是跑步 sudo R CMD javareconf 它运行得非常愉快,没有错误。

你知道我的问题是什么吗?

[[编辑]] 我已经好几个月没遇到这个问题了。我最初是通过编辑Java路径来解决这个问题的,如下面发布的答案所示。我最近在新安装的Ubuntu上遇到了同样的问题。我尝试了Dirk的建议,使用apt-get安装rJava包。它工作得很好。一开始我没有意识到的是,使用Ubuntu apt get方法安装包与在R中使用install.packages()加载同一个包有根本的不同。Ubuntu软件包解决了一些我没有意识到或欣赏到的问题。

16 回复 | 直到 14 年前

118

Dirk is no longer here 15 年前

apt-get install r-cran-rjava

变得容易了吗?你本可以问我的 用户!

JD Long 15 年前

原来我的问题是我的问题 JAVA_HOME PATH 和 爪哇岛之家 看起来像这样:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

我补充道 /jre 现在看起来是这样的:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

/jre公司 但rJava不会。奇怪。

AdrieanKhisbe aytigra 12 年前

谢谢你的建议 $JAVA_HOME

prompt$ unset JAVA_HOME

Jim Chen 6 年前

在Linux中(Ubuntu 16.04)

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

install.packages("rJava")

Yanchang Zhao 10 年前

我遇到了同样的问题,在运行下面的命令之后,它就工作了。

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

详见 http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html

Roman C 12 年前

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

这是包含jni.h的目录

接下来创建一个到另一个所需头文件的软链接(我懒得找出如何在下面的JAVA\u CPPFLAGS选项中包含多个目录):

sudo ln -s linux/jni_md.h .

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

Community CDub 8 年前

下面是我在另一个帖子上的一个答案- error: unable to load installed packages just now
(这也与这个问题有关)

对于Linux(Ubuntu)用户:如果你有 oracle-java (7/8) /usr/lib/jvm 和 sudo 需要访问。

创建文件 /etc/ld.so.conf.d/java.conf 包含以下条目:

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

(根据您的java版本,将java-8-oracle替换为java-7-oracle)

然后:

sudo ldconfig

Jan Vandermeer 14 年前

在AMD64上运行Gentoo下的R。我升级到了R2.12.0

简·范德米尔

Vahid Mirjalili 11 年前

所以

sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R

Gustavo Garcia 8 年前

rJava包寻找 /usr/lib/jvm/default-java/

要激活默认java,请安装以下软件包:

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

在ubuntu 17.04和CranR3.4.1上测试

Kevin Zarca 7 年前

对我有用的是把javau从文件改回家 /usr/lib/R/etc/javaconf

sudo update-alternatives --config java . 对我来说,是的 java-8-oracle

/usr/lib/R/etc/javaconf文件 default-java 通过 :

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}

然后 sudo R CMD javareconf

user3119404 11 年前

我要做的是:

在/etc/apt/sources.list中,添加:

http://ftp.de.debian.org/debian sid主

不ote:the rjava 应为最新版本

2运行: sudo apt get安装r-cran-rjava

user3136869 8 年前

我下载了: https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz

UseR10085 dieghernan 6 年前

我在使用windows10时也遇到了同样的问题。我已经用以下步骤解决了这个问题

从下载Java https://java.com/en/download/windows-64bit.jsp
从下载Java开发工具包 https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html
然后右键单击桌面\Properties\Advanced system settings\Advanced\Environment Variables\下的“系统变量选择路径\单击编辑\单击新建\复制并粘贴路径C:\Program Files\Java\jdk1.8.0\U 201\bin和C:\Program Files\Java\jre1.8.0\U 201\bin(不带引号)\OK\OK\OK

注意 :jdk1.8.0\u 201和jre1.8.0\u 201将根据Java开发工具包和Java的版本进行更改

在Environment Variables(环境变量)窗口中,转到User(用户)的User Variables(用户变量)\单击New(新建)\ Put Variable name as JAVA\u HOME(将变量名设为JAVA\u HOME,将变量值设为C:\Program Files\JAVA\jdk1.8.0\u 201\bin\按OK(确定)

要检查安装情况,请打开CMD\Type javac\Press Enter并键入java\按enter键

在RStudio运行中

Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

注意 :jdk1.8.0\u 201将根据Java开发工具包的版本进行更改

现在您可以毫无问题地安装和加载rJava包了。

Nilesh Ingle 7 年前

问题是rJava不会安装在 RStudio ( Version 1.0.136 ). 下面这些对我有用( macOS Sierra version 10.12.6 here ):

javaforosx.dmg 从 here

步骤2:接下来,从RStudio内部运行命令:

install.packages("rJava", type = 'source')

Waldir Leoncio TheNegative 4 年前

openjdk-src

换句话说,这些是我之前需要安装的软件包 sudo R CMD javareconf 已成功运行:

local/jdk-openjdk 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 development kit
local/jre-openjdk 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 full runtime environment
local/jre-openjdk-headless 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 headless runtime environment
local/openjdk-src 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 sources

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ilya_kuzminov 9 年前

我在ubuntu16.04上也遇到过类似的问题,通过在中创建一个名为“defaultjava”的文件夹就可以解决这个问题 /usr/lib/jvm 把所有的内容都拷贝进去 /usr/lib/jvm/java-8-oracle . 我选择了这个解决方案,因为更正javau HOME环境变量没有用。