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从shell执行多行r表达式(带缩进)

r-markdown shell bash r

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Richard J. Acton · 技术社区 · 7 年前

我正在努力实现你可能天真地写的:

R -e "
rmarkdown::render(
  'MyDocument.Rmd', 
  params = list(
    year = 2017
  ),
  output_file = 'ExampleRnotebook.html'
)
"

这样我就可以制作格式良好的提交脚本,以便在集群上运行。

我尝试了下面的一些变体,我想知道是否有其他方法可以用 R -f 旗帜?

read -r -d '' EXP << EOF
rmarkdown::render(
  'MyDocument.Rmd',
  params = list(
    year = 2017
  ),
  output_file = 'ExampleRnotebook.html'
)
EOF
R -e "$EXP"

但我得到了一系列类似这样的错误:

ARGUMENT 'params~+~=~+~list(' __ignored__

对于表达式的不同行,后跟:

> rmarkdown::render(
+ 
+ Error: unexpected end of input

繁殖:

我的文档.rmd=

---
title: "R Notebook"
output: html_notebook
params: 
  year: 0000
---

```{r}
params$year

```

这很好用:

read -r -d '' EXP <<- EOF 
rmarkdown::render('MyDocument.Rmd', params = list(year = 2017 ), output_file = 'ExampleRnotebook.html')
EOF
R -e "$EXP"

但参数列表越长,就越难阅读

1 回复 | 直到 7 年前

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zx8754 7 年前

这对我有效(R版本3.5.0):

R --no-save <<code
for(i in 1:3) {
  i + 
    2
}
print(i)

runif(5,
      1,10)
code

注: 断线和填塞是有意的。