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文档中的Travis CI R包错误

roxygen2 travis-ci package r

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coatless · 技术社区 · 10 年前

问候和问候,

我最近接了一个 github repo 包含到Travis CI的R包。我原以为存储库会构建得很好,但是,出现了一些检查错误,我无法在本地安装Windows、OS X或Ubuntu 14.04 LTS时复制这些错误。

这些错误源于具有以下共同点的函数:

拥有使用@keyword internal编码的roxygen2帮助文档。
使用Rcpp/RcppArmadillo编写。

具体而言,我收到Travis CI的以下警告:

文档对象“内部”中使用的函数或方法此处的函数',但不在代码中:

这不是特别的问题,因为这是一个警告。A. previous post 使用@method和@export解决了这个示例的不同形式。然而,Rcpp函数不属于OO类(S3/S4/RR)。

但是,当Travis CI开始评估包的示例时,此警告将变为错误:

错误:无法在此处找到函数“内部函数”

并导致构建失败。尽管如此,构建本身应该通过检查,因为函数确实存在。

Travis CI使用 recommended guidelines 以如下方式:

language: r
sudo: required
warnings_are_errors: true

r_packages:
 - ggplot2
 - devtools
 - RcppArmadillo
 - knitr
 - gridExtra
 - grid

r_build_args: "--no-build-vignettes"
r_check_args: "--no-build-vignettes --as-cran"

笔记由于R代码调用文档中列出的内部函数之一,因此Travis在构建它们时会出错,所以添加了--no构建小插曲。

以下是我认为最新的面向公众的构建: Travis CI report (v1.0.1)

CRAN第一版的结果: CRAN report (v1.0.0)

欢迎任何想法。

1 回复 | 直到 9 年前

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jtilly 10 年前

我可以在笔记本电脑上复制警告/错误(运行OS X)。我也很确定,如果您检查您的存储库,构建tar球,然后对其运行R CMD检查,您将收到与Travis CI相同的警告/错误。(我假设您只在R Studio中检查了包。)

据我所知,问题是你补充了 R/RcppExports.R 和 src/RcppExports.cpp 给你的 .gitignore ,这意味着这些文件不在GitHub上。Travis CI未运行 Rcpp::compileAttributes 为你。

有两种简单的解决方案:

去除 R/Rcpp导出.R 和 src/RcppExports.cpp 并将它们与其他内容一起提交到GitHub。这样做是有道理的,因为这些文件实际上是您的包的一部分,您不应该期望最终用户在安装包之前编译它们。我认为这是处理这个问题的正确方法。
在你的travis上添加一行。yml在构建包之前运行Rcpp::compileAttributes,例如。 Rscript -e "Rcpp::compileAttributes()" .