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RcppParallel RVector push\u back或类似的东西?

rcppparallel rcpp r

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thc · 技术社区 · 8 年前

我正在使用RcppParallel来加速一些计算。然而,我在这个过程中内存不足,所以我想将结果保存在通过一些相关阈值的并行循环中。下面是一个玩具示例来说明我的观点:

#include <Rcpp.h>
#include <RcppParallel.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
struct Example : public RcppParallel::Worker {
  RcppParallel::RVector<double> xvals, xvals_output, yvals;
  Example(const NumericVector & xvals, NumericVector & yvals, NumericVector & xvals_output) : 
    xvals(xvals), xvals_output(xvals_output), yvals(yvals) {}
  void operator()(std::size_t begin, size_t end) {
    for(std::size_t i=begin; i < end; i++) {
      double y = xvals[i] * (xvals[i] - 1);
      // if(y < 0) {
      //   xvals_output.push_back(xvals[i]);
      //   yvals.push_back(y);
      // }
      xvals_output[i] = xvals[i];
      yvals[i] = y;
    }
  }
};
// [[Rcpp::export]]
List find_values(NumericVector xvals) {
  NumericVector xvals_output(xvals.size());
  NumericVector yvals(xvals.size());
  Example ex(xvals, yvals, xvals_output);
  parallelFor(0, xvals.size(), ex);
  List L = List::create(xvals_output, yvals);
  return(L);
}

R代码为:

find_values(seq(-10,10, by=0.5))

注释掉的代码就是我想要做的。

也就是说,我想初始化一个空向量,只附加通过某个阈值的y值以及相关的x值。

在我的实际使用中,我正在计算一个MxN矩阵,因此内存是一个问题。

解决这个问题的正确方法是什么?

1 回复 | 直到 8 年前

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thc 8 年前

如果有人遇到过类似的问题,这里有一个使用TBB中的“concurrent\u vector”的解决方案(RcppParallel在引擎盖下使用,可以作为标题使用)。

#include <Rcpp.h>
#include <RcppParallel.h>
#include <tbb/concurrent_vector.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
struct Example : public RcppParallel::Worker {
  RcppParallel::RVector<double> xvals;
  tbb::concurrent_vector< std::pair<double, double> > &output;
  Example(const NumericVector & xvals, tbb::concurrent_vector< std::pair<double, double> > &output) : 
    xvals(xvals), output(output) {}
  void operator()(std::size_t begin, size_t end) {
    for(std::size_t i=begin; i < end; i++) {
      double y = xvals[i] * (xvals[i] - 1);
      if(y < 0) {
        output.push_back( std::pair<double, double>(xvals[i], y) );
      }
    }
  }
};
// [[Rcpp::export]]
List find_values(NumericVector xvals) {
  tbb::concurrent_vector< std::pair<double, double> > output;
  Example ex(xvals,output);
  parallelFor(0, xvals.size(), ex);
  NumericVector xout(output.size());
  NumericVector yout(output.size());
  for(int i=0; i<output.size(); i++) {
    xout[i] = output[i].first;
    yout[i] = output[i].second;
  }
  List L = List::create(xout, yout);
  return(L);
}

输出:

> find_values(seq(-10,10, by=0.5))
[[1]]
[1] 0.5

[[2]]
[1] -0.25