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从rarmadillo矩阵的子集中获取元素

armadillo rcpp r

Melissa Key · 技术社区 · 7 年前

我有一个很大的矩阵。我试着用动态变化的重量从中取样。由于它被迫在r中使用循环,所以我尝试在rcpp中实现它,这样它就有可能运行得更快一些。经过一番试验,我想我已经想出了如何用正确的权重随机获取一个索引。

诀窍在于,我只在给定的时间从列的子集中进行采样(如果在C中更有效,则可以更改为行—矩阵实际上是对称的)。我的索引仅为此列的子集定义。在R,我会按照

large_matrix[, columns_of_interest][index]

这个很好用。我如何使用RCPP/犰狳做等效的?我猜想

cppFunction("arma::vec element_from_subset(arma::mat D, arma::uvec i, arma::uvec columns) {
  # arma::mat D_subset = D.cols(columns);
  return D.cols(columns).elem(i);

  }", depends = "RcppArmadillo")

未能编译(和 .at 而不是 .elem 也不起作用,在偏执狂中,周围事物的标准R技巧也不起作用。

这确实有效,但我正试图避免:

cppFunction("arma::vec element_from_subset(arma::mat D, arma::uvec i, arma::uvec columns) {
  arma::mat D_subset = D.cols(columns);
  return D_subset.elem(i);

  }", depends = "RcppArmadillo")

有没有什么方法可以在不需要保存的情况下解决这个问题? D.cols(columns) ?

1 回复 | 直到 7 年前

coatless 7 年前

简而言之:不。

但是,这个问题的措辞不正确。想想这里发生了什么:

(M <- matrix(1:9, 3, 3)) 
#>      [,1] [,2] [,3]
#> [1,]    1    4    7
#> [2,]    2    5    8
#> [3,]    3    6    9

columns_of_interest = 1:2
M[, columns_of_interest] 
#>      [,1] [,2]
#> [1,]    1    4
#> [2,]    2    5
#> [3,]    3    6

从这里开始,如果我们有 index 如果是1,那么我们得到:

index = 1
M[, columns_of_interest][index]
#> 1

所以,本质上,真正发生的是 (i,j) . 因此,您应该使用:

Rcpp::cppFunction("double element_from_subset(arma::mat D, int i, int j) { 
                  return D(i, j);
                  }", depends = "RcppArmadillo")
element_from_subset(M, 0, 0)
#> [1] 1

我这么说是基于 R 和 C++ 已发布代码,例如 R 给出1个值和 C++ 返回类型只允许一个值。

显示了op发布的代码,没有错误。编译后的初始错误将指示使用 Rcpp 对象内部 arma 班级。如果我们纠正类型,例如 Rcpp::IntegerVector 用一个 阿玛 适当类型的 arma::ivec 或 arma::uvec ,然后编译将生成更具信息性的错误消息。

更正代码:

Rcpp::cppFunction("double element_from_subset(arma::mat D, int i, arma::uvec columns) { 
  return D.cols(columns).elem(i);
  }", depends = "RcppArmadillo")

错误消息:

file6cf4cef8267.cpp:10:26: error: no member named 'elem' in 'arma::subview_elem2<double, arma::Mat<unsigned int>, arma::Mat<unsigned int> >'
  return D.cols(columns).elem(i);
         ~~~~~~~~~~~~~~~ ^
1 error generated.
make: *** [file6cf4cef8267.o] Error 1

所以,没有办法子集一 子视图 它是由子集从犰狳身上。

你可能想了解一下犰狳的一些分类特征。他们非常乐于助人。

RCPP画廊: http://gallery.rcpp.org/articles/armadillo-subsetting
R代码转换成犰狳的指南: http://thecoatlessprofessor.com/programming/common-operations-with-rcpparmadillo/
犰狳专用文件
- 矩阵子集: http://arma.sourceforge.net/docs.html#submat
- 个人条目: http://arma.sourceforge.net/docs.html#element_access
- sub2ind() : http://arma.sourceforge.net/docs.html#sub2ind
- ind2sub() : http://arma.sourceforge.net/docs.html#ind2sub

免责声明: 第一和第二个链接我都有贡献或写。