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Rmarkdown山药的作者和隶属关系

  •  4
  • antecessor  · 技术社区  · 7 年前

    我知道这个问题过去在这个论坛中已经被问过了( 1>, nofollowlow noreferfer“>nofollowlowlowlow NorwnorjrNor2 , )。在你把这个标记为重复之前,我尝试了所有的答案,但没有成功。大多数问题都是很久以前提出的,一些与 pandoc有关的更新可能会影响现在的结果。

    问题是,我正在使用rmarkdown编写一篇科学论文,并希望以HTML、PDF或Word文件格式导出结果。

    更重要的是,有12位作者在论文上签名。 一些作者呈现了多个隶属关系,而 一些作者呈现了相同的隶属关系。

    我的问题很清楚:如何编辑yaml以将所有作者都包含在yaml中,以便导出为不同的格式(html、pdf、doc)?

    我试过这个山药:

    <预> <代码> 标题:“我的标题” 作者: -姓名:Mario Modesto Mata^1,2^ 电子邮箱:古马里奥mm@gmail.com -姓名:克里斯托弗^1^ -姓名:seagh_n mhartain^2^ -姓名:Rita Yuri Ynoue^1^ 地址: -代码:1 地址:圣保罗大学地球科学院天文研究所 -代码:2 地址:圣保罗大学医学院 日期:2018年10月1日 输出: PDFX文档: 数字部分:是 TOC:是的 深度:4 Word文件: TOC:是的 HTMLX文档: css:scripts accesorios/esiloboton.css脚本 数字部分:是 主题:砂岩 TOC:是的 深度:4 参考文献.bib CSL:科学.csl --- < /代码>

    PDF输出

    这是我在导出到PDF时看到的 .rmd 文件:.

    我看到的不是作者,而是 true 和no affiliations.

    HTML输出

    我看到的是作者,不是所有的隶属关系号码。附属关系本身仍然隐藏。

    docx输出

    最终的Word文件中既不显示姓名也不显示从属关系。

    我的系统

    我使用的是最新的rstudio版本(1.1.453版),在linux mint 19肉桂上运行。

    更新:原始示例

    <预> <代码> 标题:“我的标题” 作者: -马里奥·莫德斯托·马塔: 电子邮箱:古马里奥mm@gmail.com 研究所:【Cenieh,UCL1,PPEX】 通信:正确 -M.克里斯托弗·迪恩: 研究所:【UCL2,NHM】 -尤利特·昆蒂诺: 学院:UBU -Rebeca Garc_…A-Gonz_lez: 学院:UBU -罗德里戈S.拉克鲁兹: 学院:纽约大学 -Timothy G.Bromage: 学院:纽约大学 -Cecilia Garc_-a-坎波斯: 研究所:【Cenieh,UCL1】 -Marina Mart_-Nez de Pinillos: 研究所:Cenieh -Laura Mart_-n-Franc_ 研究所:【Bor,Cenieh】 -马丁托雷斯: 研究所:【Cenieh,UCL1】 -尤达德·卡博内尔: 研究所:【IPHES,URV】 -胡安·路易斯·阿尔苏加: 研究所:【ISCIII,UCM】 -Jos_)Mar_­A Berm_:Dez de Castro: 研究所:【Cenieh,UCL1】 研究所: -塞尼厄:西班牙布尔戈斯,帕塞奥·塞拉·阿塔普尔卡3号,09002,investigaci中心 -UCL1:伦敦大学学院人类学系,伦敦,WC1H 0BW,英国 -UCL2:英国伦敦大学学院细胞与发育生物学系,伦敦高尔街,WC1E 6BT -UBU:Laboratorio de Evoluci_3 n Humana,Unierisdad de Burgos,Edificio I+D+I,Burgos,西班牙 -PPEX:Equipo Primeros Pobladores de Extremadura,Casa de Cultura Rodr_­Guez Mo_ ino,C_ ceres,西班牙 -英国伦敦自然历史博物馆地球科学系人类进化研究中心 -纽约大学:纽约大学 -BOR:de la pr_)Histoire_l'Actuel-Culture,Environnement et人类学,波尔多大学,CNRS,MCC,佩斯,UMR 5199 F_,Pessac Cedex,法国 -IPHES:Institut Catali_160;de古生态人类研究所Evoluci_3社会(IPHES),Zona Educational 4,Campus Sesselades,Edifici W3,Universitat Rovira I Virgili,Tarragona,西班牙 -URV:西班牙塔拉戈纳,罗维拉维吉尔大学,阿文古达加泰罗尼亚35,43002 -ISCIII:Centro Mixto UCM-ISCIII de Evoluci_3 n y Compartamiento Humanos,西班牙马德里 -UCM:Departamento de geodin_,Mica,Estratigraf_­a y古生物志_­a,西班牙马德里大学Ciencias geol_3g gicas学院 日期:2018年10月1日 输出: PDFX文档: 数字部分:是 TOC:是的 深度:4 潘多克: -'--lua filter=学术元数据.lua' -'--lua filter=author info blocks.lua' HTMLX文档: css:scripts accesorios/esiloboton.css脚本 数字部分:是 主题:砂岩 TOC:是的 深度:4 Word文件: TOC:是的 潘多克: -'--lua filter=学术元数据.lua' -'--lua filter=author info blocks.lua' 参考文献.bib CSL:科学.csl --- < /代码> <, 2 , 3 )在你把这个标记为重复之前,我尝试了所有的答案,但没有成功。大多数问题都是很久以前问的,有些更新与 pandoc 可能会影响现在的结果。

    问题是,我正在使用rmarkdown编写一篇科学论文,并希望将结果导出为HTML、PDF或Word文件。

    更重要的是 有12个作者 签署文件。 一些作者提出了不止一个隶属关系 一些作者提出了相同的隶属关系 .

    我的问题很清楚:如何编辑yaml以将所有作者都包含在yaml中,以便导出为不同的格式(html、pdf、doc)?

    我试过这个山药:

    ---
    title: "My title"
    author:
      - name: Mario Modesto-Mata^1,2^
        email: paleomariomm@gmail.com
      - name: Christopher^1^
      - name: Seaghán Mhartain^2^
      - name: Rita Yuri Ynoue^1^
    address:
      - code: 1
        address: Instituto de Astronomía, Geofísica e Ciências Atmosféricas, Universidade de São Paulo
      - code: 2
        address: Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo
    date: "1 October 2018"
    output: 
      pdf_document: 
        number_sections: yes
        toc: yes
        toc_depth: 4
      word_document:
        toc: yes
      html_document:
        css: Scripts accesorios/estiloboton.css
        number_sections: yes
        theme: sandstone
        toc: yes
        toc_depth: 4
    bibliography: references.bib
    csl: science.csl
    ---
    

    PDF输出

    这是我导出到PDF时看到的 .Rmd 文件:

    enter image description here

    我看到的不是作者 true 也没有附属关系。

    HTML输出

    我看到的是作者,不是所有的隶属关系号码。这种关系本身仍然是隐藏的。

    enter image description here

    文档输出

    最终的word文件中既没有名字也没有关联。

    我的系统

    我使用的是最新的rstudio版本(1.1.453版),运行在linux mint 19肉桂上。

    更新:原始示例

    ---
    title: "My title"
    author:
      - Mario Modesto-Mata:
          email: paleomariomm@gmail.com
          institute: [cenieh, ucl1, ppex]
          correspondence: true
      - M. Christopher Dean:
        institute: [ucl2, nhm]
      - Yuliet Quintino:
        institute: ubu
      - Rebeca García-González:
        institute: ubu
      - Rodrigo S. Lacruz:
        institute: nyu
      - Timothy G. Bromage:
        institute: nyu
      - Cecilia García-Campos:
        institute: [cenieh, ucl1]
      - Marina Martínez de Pinillos:
        institute: cenieh
      - Laura Martín-Francés:
        institute: [bor, cenieh]
      - María Martinón-Torres:
        institute: [cenieh, ucl1]
      - Eudald Carbonell:
        institute: [iphes, urv]
      - Juan Luis Arsuaga:
        institute: [isciii, ucm]
      - José María Bermúdez de Castro:
        institute: [cenieh, ucl1]
    institute:
      - cenieh: Centro Nacional de Investigación sobre la Evolución Humana (CENIEH), Paseo Sierra de Atapuerca 3, 09002, Burgos, Spain
      - ucl1: Department of Anthropology, University College London, London, WC1H 0BW, UK
      - ucl2: Department of Cell and Developmental Biology, University College London, Gower Street, London, WC1E 6BT, UK
      - ubu: Laboratorio de Evolución Humana, Unierisdad de Burgos, Edificio I+D+i, Burgos, Spain
      - ppex: Equipo Primeros Pobladores de Extremadura, Casa de Cultura Rodríguez Moñino, Cáceres, Spain
      - nhm: Centre for Human Evolution Research (CHER), Department of Earth Sciences, Natural History Museum, London, SW7 5BD, UK
      - nyu: New York University
      - bor: De la Préhistoire à l'Actuel - Culture, Environnement et Anthropologie, University of Bordeaux, CNRS, MCC, PACE, UMR 5199 F_33615, Pessac Cedex, France
      - iphes: Institut Català de Paleoecologia Humana i Evolució Social (IPHES), Zona Educacional 4, Campus Sescelades, Edifici W3, Universitat Rovira i Virgili, Tarragona, Spain
      - urv: Àrea de Prehistòria, Universitat Rovira i Virgili, Avinguda de Catalunya 35, 43002, Tarragona, Spain
      - isciii: Centro mixto UCM-ISCIII de Evolución y Comportamiento humanos, Madrid, Spain
      - ucm: Departamento de Geodinámica, Estratigrafía y Paleontología, Facultad de Ciencias Geológicas, Universidad Complutense de Madrid, Spain
    date: "1 October 2018"
    output: 
      pdf_document: 
        number_sections: yes
        toc: yes
        toc_depth: 4
        pandoc_args:
          - '--lua-filter=scholarly-metadata.lua'
          - '--lua-filter=author-info-blocks.lua'
      html_document:
        css: Scripts accesorios/estiloboton.css
        number_sections: yes
        theme: sandstone
        toc: yes
        toc_depth: 4
      word_document:
        toc: yes
        pandoc_args:
          - '--lua-filter=scholarly-metadata.lua'
          - '--lua-filter=author-info-blocks.lua'
    bibliography: references.bib
    csl: science.csl
    ---
    
    1 回复  |  直到 7 年前
        1
  •  1
  •   tarleb    7 年前

    据我所知,到目前为止,还没有一种尺寸适合所有解决方案。

    如果目标仅为pdf,我建议 rticles by rstudio.太好了。

    同样适用于docx的解决方案更为困难。一种可能是使用pandoc lua filters repository collecting utility filters 包含两个有助于您的过滤器: scholarly metadata and author info blocks 。(重要免责声明:我写了这些。)

    .lua->code>文件放在目录中,稍微更改yaml结构,并指示pandoc运行过滤器:

    <预> <代码> 标题:“我的标题” 作者: -马里奥·莫德斯托·马塔: 电子邮箱:古马里奥mm@gmail.com 研究所:【阿童木医学院】 通信:正确 -姓名:克里斯托弗 研究所:Astro -姓名:Seagh_n Mhartain 研究所:医学 -姓名:Rita Yuri Ynoue 研究所:Astro 研究所: -阿童木:天文研究所,地理-西嘉-艾希亚斯-阿特莫斯夫-里卡斯,圣保罗大学 -医学:圣保罗大学医学院 日期:2018年10月1日 输出: Word文件: TOC:是的 潘多克: -'--lua filter=学术元数据.lua' -'--lua filter=author info blocks.lua' PDFX文档: 数字部分:是 TOC:是的 深度:4 潘多克: -'--lua filter=学术元数据.lua' -'--lua filter=author info blocks.lua' --- < /代码>

    这将是PDF输出:

    虽然这就是它在单词中的样子:

    隶属关系和联系信息被添加到正文文本中,这就是TOC显示在其上方的原因。

    通过RStudio。太棒了。

    同样适用于docx的解决方案更为困难。一种可能是使用Pandoc Lua filters . 这个 repository collecting useful filters 包含两个有助于您的筛选器: scholarly-metadata author-info-blocks . (重要免责声明:我写了这些。)

    放置 .lua 目录中的文件,稍微更改yaml结构,并指示pandoc运行过滤器:

    ---
    title: "My title"
    author:
      - Mario Modesto-Mata:
          email: paleomariomm@gmail.com
          institute: [astro, med]
          correspondence: true
      - name: Christopher
        institute: astro
      - name: Seaghán Mhartain
        institute: med
      - name: Rita Yuri Ynoue
        institute: astro
    institute:
      - astro: Instituto de Astronomía, Geofísica e Ciências Atmosféricas, Universidade de São Paulo
      - med: Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo
    date: "1 October 2018"
    output: 
      word_document:
        toc: yes
        pandoc_args:
          - '--lua-filter=scholarly-metadata.lua'
          - '--lua-filter=author-info-blocks.lua'
      pdf_document: 
        number_sections: yes
        toc: yes
        toc_depth: 4
        pandoc_args:
          - '--lua-filter=scholarly-metadata.lua'
          - '--lua-filter=author-info-blocks.lua'
    ---
    

    这将是PDF输出:

    example pdf output

    虽然这就是它在单词中的样子:

    enter image description here

    关联和联系信息被添加到正文文本中,这就是TOC显示在其上方的原因。