代码之家 › 专栏 › 技术社区 › JRR

链接到另一个包-未定义的符号

r-package rcpp

1

JRR · 技术社区 · 7 年前

我试图使用包中的c++类 rlas (在起重机上)。我写了如下:

#include <Rcpp.h>
#include <rlasstreamer.h>

// [[Rcpp::depends(rlas)]]

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
void f(CharacterVector file)
{
  RLASstreamer lasstreamer(file);
  return;
}

LinkingTo: Rcpp,rlas 在里面 DESCRIPTION . 该包进行编译,因此找到了头,但未链接库:

undefined symbol: _ZN12RLASstreamerD1Ev

linkage命令看起来与 RLA

g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o pkgname.so function_f.o RcppExports.o -L/usr/lib/R/lib -lR

Makevars home/ .

PKG_LIBS= /home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rlas/libs/rlas.so

而且有效!

我相信这是 Rcpp::depends RLA

1 回复 | 直到 7 年前

1

Ralf Stubner 7 年前

而不是在 Makevars 您可以在 configure . 下面是一些可用于查找库位置的R代码:

libs.dir <- system.file( "libs", package = "rlas")
paste0(libs.dir, .Platform$file.sep, "rlas", .Platform$dynlib.ext)

rlas rlas.package.skeleton 功能。例如,请参阅我的RcppArrayFire包:

编辑:这里有一个计算出来的例子:

创建包骨架对目录的更改

$ Rscript -e "Rcpp::Rcpp.package.skeleton()"
$ cd anRpackage

创建或更新一些文件:

$ cat configure
#!/bin/sh
RLAS_LIBS=`Rscript -e "cat(system.file('libs', 'rlas.so', package = 'rlas'))"`
sed -e "s|@RLAS_LIBS@|${RLAS_LIBS}|" src/Makevars.in > src/Makevars

$ cat cleanup
#!/bin/sh
rm -f src/Makevars src/*.o src/*.so

$ cat src/Makevars.in 
PKG_LIBS = @RLAS_LIBS@

$ cat src/rcpp_hello_world.cpp 
#include <Rcpp.h>
#include <rlasstreamer.h>

// [[Rcpp::export]]
void rcpp_hello_world() {
  RLASstreamer lasstreamer("foo");
  return;
}

$ grep rlas DESCRIPTION
LinkingTo: Rcpp, rlas

编译Rcpp属性:

$ Rscript -e "Rcpp::compileAttributes()"

$ R CMD build .
[...]
$ R CMD check anRpackage_1.0.tar.gz 
[...]
$ R CMD INSTALL anRpackage_1.0.tar.gz 
[...]
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-z,relro -o anRpackage.so RcppExports.o rcpp_hello_world.o /usr/local/lib/R/site-library/rlas/libs/rlas.so -L/usr/lib/R/lib -lR
[...]

这里,来自链接器的命令行很有趣。它表明 rlas.so

$ Rscript -e "anRpackage::rcpp_hello_world()"
ERROR: cannot open file 'foo'
ERROR: cannot open lasreadertxt with file name 'foo'
Fehler in anRpackage::rcpp_hello_world() : 
  LASlib internal error. See message above.
Execution halted

所以当我们得到一个错误时,这是一个来自LASlib的错误,它包含在 苏莱士 . 如果我们看看 ldd 苏莱士

$ ldd ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/anRpackage/libs/anRpackage.so
    linux-vdso.so.1 (0x00007ffe4c79d000)
    /usr/local/lib/R/site-library/rlas/libs/rlas.so (0x00007fede63fc000)
    libR.so => /usr/lib/libR.so (0x00007fede5d7a000)
    libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007fede59f8000)
[...]